Alexander der Große soll an der Stätte von Antiochien sein Lager aufgeschlagen und Zeus Bottiaeus einen Altar gewidmet haben.
Nach Alexanders Tod im Jahre 323 v. Chr. teilten seine Generäle das von ihm eroberte Gebiet auf. Seleukos I. Nikator gewann das Territorium Syriens, und er gründete vier "Schwesterstädte" im Nordwesten Syriens - Antiochia, Seleucia Pieria, Apamea und Laodizea-auf-dem-Meer. Obwohl Seleucia Pieria zunächst die Hauptstadt der Seleukiden im Nordwesten Syriens war, erhob sich Antiochia bald darüber hinaus zur syrischen Hauptstadt.
Die ursprüngliche Stadt Seleucus wurde in Anlehnung an den Plan von Alexandria vom Architekten Xenarius angelegt. Die neue Stadt wurde von einer Mischung aus lokalen Siedlern, Athenern aus der nahe gelegenen Stadt Antigonia, Mazedoniern und Juden (die von Anfang an den vollen Status erhielten) bevölkert. Die Gesamtzahl der freien Bevölkerung Antiochiens bei seiner Gründung wurde auf 17.000 bis 25.000 geschätzt, Sklaven und einheimische Siedler nicht eingerechnet. Während der späthellenistischen und der frührömischen Periode erreichte die Bevölkerung mit über 500.000 Einwohnern ihren Höhepunkt (Schätzungen schwanken zwischen 400.000 und 600.000) und war nach Rom und Alexandria die drittgrößte Stadt der Welt. Im 4. Jahrhundert betrug der Bevölkerungsrückgang in Antiochien laut Chrysostomus etwa 200.000 Einwohner, eine Zahl, die wiederum Sklaven nicht einschließt.
Antiochien wurde unter Antiochus I. zur Hauptstadt und Gerichtsstadt des westlichen Seleukidenreiches, sein Pendant im Osten war Seleucia am Tigris.
Die Römer empfanden und drückten grenzenlose Verachtung für das hybride Antiochenes aus; aber ihre Kaiser bevorzugten die Stadt von Anfang an, da sie in ihr eine geeignetere Hauptstadt für den östlichen Teil des Reiches sahen, als Alexandria aufgrund der isolierten Lage Ägyptens jemals sein könnte. Bis zu einem gewissen Grad versuchten sie, daraus ein östliches Rom zu machen. Das Hauptinteresse Antiochiens unter dem Imperium liegt in seiner Beziehung zum Christentum.
Evangelisiert vielleicht von Petrus, nach der Tradition, auf der das antiochenische Patriarchat noch immer seinen Anspruch auf den Primat ruht (vgl. Apg xi.), und sicherlich auch von Barnabas und Paulus, die hier seine erste christliche Predigt in einer Synagoge hielten, waren seine Bekehrten die ersten, die Christen genannt wurden (Apg 11,26).
Im Jahre 638, während der Herrschaft des byzantinischen Kaisers Heraklius, wurde Antiochia während der Schlacht an der Eisernen Brücke von den muslimischen Arabern erobert und wurde in arabischer Sprache als أنطاكيّة Antākiyyah bekannt.
In den letzten Jahren haben die Überreste der römischen und spätantiken Stadt durch die Bauarbeiten im Zusammenhang mit der Erweiterung von Antakya schwere Schäden erlitten. In den 1960er Jahren wurde die letzte erhaltene römische Brücke abgerissen, um Platz für eine moderne zweispurige Brücke zu schaffen. Der Nordrand von Antakya ist in den letzten Jahren rapide gewachsen, und dieser Bau hat begonnen, große Teile der antiken Stadt freizulegen, die häufig mit Bulldozern plattgemacht und nur selten durch das örtliche Museum geschützt werden.
