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Während Apollo 4 einen perfekten Flug hatte, hatte Apollo 6 vom Start weg Probleme. Zwei Minuten nach Beginn des Fluges erfuhr die Rakete etwa 30 Sekunden lang starke Pogo-Schwingungen. Verschiedene Teile der Rakete begannen wie eine Stimmgabel zu vibrieren. Dazu gehörten auch die Treibstoffleitungen. Diese Vibrationen verursachten Schäden an dem Teil, das die Kommandokapsel und die Mondlandefähre mit der Saturn V verband. Während des Starts fielen mehrere Teile ab.
Nachdem die erste Stufe abgeschlossen war, begann die zweite Stufe der S-II ihre eigenen Probleme zu haben. Triebwerk Nummer zwei (von fünf) hatte 225 Sekunden nach dem Start Probleme. Bei 319 Sekunden wurde es schlimmer, und bei 412 Sekunden schaltete der Motor ab. Zwei Sekunden später schaltete sich auch Triebwerk Nummer drei ab. Der Bordcomputer war in der Lage, Änderungen vorzunehmen, und die anderen Triebwerke brannten 58 Sekunden länger als normal. Die dritte Stufe des S-IVB musste ebenfalls 29 Sekunden länger als normal brennen. Die S-IVB funktionierte ebenfalls nicht richtig.
Die erste Stufe des S-IC stürzte im Atlantischen Ozean östlich von Florida auf die Erde zurück (30°12′N 74°19′W / 30.200°N 74.317°W / 30.200; -74.317), während die zweite Stufe des S-II südlich der Azoren abstürzte (31°12′N 32°11′W / 31.200°N 32.183°W / 31.200; -32.183).
Umlaufbahn
Wegen der Startprobleme erreichte die Rakete nicht die geplante Höhe. Nach zwei Umlaufbahnen, der dritten Stufe, wollte die S-IVB nicht wieder starten. Es wurde beschlossen, die Triebwerke des Apollo-Servicemoduls zu verwenden, um die Rakete in eine höhere Umlaufbahn zu bringen, wie es bei Apollo 4 geschehen war. Es brannte 442 Sekunden lang (länger als es jemals bei einer Mondmission feuern würde), um die geplante Höhe von 11.989 Seemeilen (22.204 km) zu erreichen. Es gab nicht genug Treibstoff, um den Wiedereintritt in die Atmosphäre zu beschleunigen. Die Raumsonde trat erst mit einer Geschwindigkeit von 33.000 Fuß pro Sekunde (10.000 m/s) in die Atmosphäre ein, statt der geplanten 37.000 Fuß pro Sekunde (11.000 m/s) bei einer Mondlandung. Dies war jedoch bei Apollo 4 demonstriert worden.
Zehn Stunden nach dem Start landete sie 43 nautische Meilen (80 km) vom geplanten Aufsetzpunkt im Nordpazifik nördlich von Hawaii und wurde an Bord der USS Okinawa gehoben.
Die Umlaufbahn der S-IVB verlangsamte sich drei Wochen später, und am 25. April 1968 trat sie wieder in die Atmosphäre ein.
Obwohl Apollo 6 die Geschwindigkeiten in beiden Richtungen nicht erreichte, wurde es als erfolgreich genug angesehen, um Astronauten auf der nächsten Saturn V zu fliegen. Diese würde den Mond umkreisen, statt der für Apollo 8 geplanten Erdumlaufbahn. Stattdessen testete der nächste Flug, Apollo 7, bei dem kein Saturn V eingesetzt wurde, ein bemanntes Apollo-Modul in der Erdumlaufbahn.