Nach dem Tod ihres Vaters, des Kaisers Huayna Capac, und ihres älteren Bruders, Ninan Cuyochi, der der Erbe gewesen war, wurde das Reich zwischen den beiden überlebenden Brüdern Huáscar und Atahualpa aufgeteilt. Huascar erhielt den größten Teil mit der Hauptstadt
Cusco, Atahualpa den nördlichen Teil, einschließlich
Quito (heute die Hauptstadt Ecuadors). Einige Jahre lang regierten die beiden Brüder ohne Probleme. Doch Huascar verlangte, dass Atahualpa ihm einen Eid ablegte. Atahuallpa weigerte sich, und der Bürgerkrieg begann.
Die letzte Schlacht fand bei Quipaipan statt, wo Huascar gefangen genommen wurde. Atahuallpa ruhte in der Stadt Cajamarca in den Anden mit seiner Armee von 80.000 Soldaten auf dem Weg in den Süden und nach Cusco, um seinen Thron zu beanspruchen.
Zu diesem Zeitpunkt hatte der spanische Eroberer Francisco Pizarro die Stadt Piura gegründet, die erste spanische Siedlung in Peru im Juli 1532. Nach zwei Monaten Marsch war Pizarro mit nur 168 Mann unter seinem Kommando in Cajamarca angekommen und schickte Hernando de Soto, Bruder Vicente de Valverde und den einheimischen Dolmetscher Felipillo, um mit Atahuallpa über die spanische Präsenz zu sprechen.
Die spanischen Gesandten kehrten nach Pizarro zurück, der einen Überraschungsangriff auf Atahuallpas Armee in der Schlacht von Cajamarca am 16. November 1532 vorbereitete.
Nach spanischem Recht haben die Spanier dem Inka-Volk offiziell den Krieg erklärt. Als Atahuallpa den Priester Valverde kalt fragte, aufgrund welcher Autorität er und sein Volk solche Dinge sagen könnten, bot Valverde ihm eine Bibel an und sagte, die Autorität käme von den Worten darin. Er untersuchte sie und fragte dann, warum sie nicht zu ihm gesprochen habe. Dann warf er sie zu Boden. Das gab den Spaniern die Entschuldigung, die sie brauchten, um Krieg gegen die Inkas zu führen. Sie eröffneten das Feuer, und im Laufe von 2 Stunden wurden mehr als zweitausend Inkasoldaten getötet. Die Spanier sperrten dann Atahuallpa im Sonnentempel ein.
Atahuallpa konnte immer noch nicht glauben, dass die Spanier beabsichtigten, die Kontrolle über sein Königreich zu übernehmen. Er dachte, wenn er ihnen das Gold und Silber gäbe, nach dem sie suchten, würden sie das Land verlassen. Als Gegenleistung für seine Freilassung willigte er ein, einen großen Raum mit Gold zu füllen, und versprach den Spaniern die doppelte Menge in Silber. Obwohl er über das Angebot fassungslos war, hatte Pizarro nicht die Absicht, den Inka freizulassen, da er den Einfluss des Herrschers auf die Eingeborenen brauchte, um die Ordnung im umliegenden Land aufrechtzuerhalten.
Doch dann beschloss Pizarro, ihn hinrichten zu lassen, weil er befürchtete, er könnte von einem Inka-General befreit werden. Pizarro inszenierte einen Scheinprozess und befand Atahuallpa für schuldig, sich gegen die Spanier aufzulehnen und Huáscar, seinen eigenen Bruder, ermordet zu haben. Atahuallpa wurde zur Hinrichtung durch Verbrennen verurteilt. Er war entsetzt, da die Inka glaubten, dass die Seele nicht ins Jenseits weiterleben könne, wenn der Körper verbrannt würde. Bruder Vicente de Valverde, der Atahuallpa zuvor die Bibel angeboten hatte, griff erneut ein und sagte Atahuallpa, dass er, wenn er sich bereit erkläre, zum Christentum zu konvertieren, den Rest davon überzeugen würde, das Urteil umzuwandeln. Atahualpa willigte ein, sich in den christlichen Glauben taufen zu lassen. Er erhielt den Namen Juan Santos Atahualpa und wurde dann mit einer Garrotte erwürgt, anstatt verbrannt zu werden. Atahualpa starb am 29. August 1533. Atahuallpa wurde von seinem Bruder, der Marionette Inca Tupac Huallpa, und später von einem weiteren Bruder, Manco Inca Yupanqui, abgelöst.
