Die Pflanzenphysiologie ist der Teil der Botanik, der untersucht, wie Pflanzen funktionieren. Das ist die Physiologie der Pflanzen. Mit einer Vielzahl von Methoden untersuchen Botaniker, wie Pflanzen sich vermehren, wachsen, Nährstoffe erhalten, Photosynthese betreiben, Wasser erhalten und so weiter.

Die Hauptthemen der Pflanzenphysiologie sind Photosynthese, Atmung, Pflanzenernährung, Pflanzenhormone, Tropismen, nastische Bewegungen, Photoperiodismus, Photomorphogenese, zirkadiane Rhythmen, Umweltstress-Physiologie, Samenkeimung, Dormanz, Spaltöffnungsfunktion und Transpiration.