Pteranodon lebte hauptsächlich auf Offshore-Rookeries. Die meisten Pteranodon-Fossilien werden dort gefunden, wo sie damals Hunderte von Kilometern von der Küstenlinie entfernt waren.
Sie haben sich sicherlich von Fischen ernährt. Bei einem Pteranodon wurden versteinerte Fischknochen im Magenbereich gefunden. Andere Exemplare haben Fragmente von Fischschuppen und Wirbeln in der Nähe des Rumpfes.
Die Weibchen beider Arten waren kleiner als die Männchen und hatten kleine, abgerundete Kämme. Die Kämme wurden wahrscheinlich zur Schau gestellt, obwohl sie auch andere Funktionen gehabt haben könnten.