Die Lady Juliana segelte vor den anderen Sträflingsschiffen und wird nicht immer zur Zweiten Flotte gezählt. Das Versorgungsschiff Justinian fuhr nicht mit den Sträflingsschiffen und kam vor ihnen an. Die HMS Guardian lief vor den Sträflingsschiffen aus, stieß aber nach dem Verlassen des Kaps der Guten Hoffnung auf Eis, fuhr zurück ins südliche Afrika und erlitt an der Küste Schiffbruch.
Die Surprze, Neptun und Scarborough wurden von der Firma "Camden, Calvert & King" geschickt. Sie hatten sich bereit erklärt, die Verurteilten gegen eine Gebühr von 17 7 Pfund Sterling zu transportieren, zu kleiden und zu ernähren. 6d pro Kopf Diese Gebühr wurde unabhängig davon gezahlt, ob die Sträflinge tot oder lebendig landeten. Diese Firma hatte zuvor Sklaven nach Nordamerika gebracht. Die einzigen Regierungsmitglieder auf dem Schiff waren der Marineoffizier, Lieutenant John Shapcote, und der Kapitän der Garde; alle anderen Besatzungsmitglieder wurden von der Firma gestellt.
Die Zweite Flotte verließ England am 19. Januar 1790 mit 1.006 Sträflingen (928 männliche und 78 weibliche). Auf dem Weg dorthin machten sie nur einen Halt, nämlich am Kap der Guten Hoffnung. Hier wurden 20 männliche Sträflinge, Überlebende von Guardian, an Bord genommen. Die drei Schiffe fuhren schneller als die Erste Flotte und kamen in der letzten Juniwoche 1790 in Port Jackson an. Dies war drei Wochen nach der Lady Juliana und eine Woche nach dem Versorgungsschiff Justinian.
Die Reise ging schnell, aber die Sterblichkeitsrate war die höchste in der Geschichte des Transports nach Australien. Von den 1.026 Sträflingen, die die Reise verließen, starben 267 (256 Männer und 11 Frauen) während der Reise (26%).
Auf Neptun erhielten die Verurteilten nicht genügend Nahrung, sie wurden mit Ketten gefesselt gehalten und nur selten auf das Deck gelassen. Viele von ihnen bekamen Skorbut. In Scarborough wurden sie gefüttert, aber ein gemeldeter Meutereiversuch führte dazu, dass die Sträflinge unter Deck eingesperrt blieben.
Kapitän William Hill, der Hauptmann der Wache, schrieb später, dass die Schiffskapitäne die Sträflinge nicht verpflegten, damit sie die Lebensmittel in einem anderen Land verkaufen konnten. Sie wollten, dass die Sträflinge schnell sterben, damit sie das Essen nicht an sie verschwenden mussten und es später zum Verkauf behalten konnten.