Die Zweite Flotte ist der Name der zweiten Gruppe von Schiffen, die mit Siedlern, Sträflingen und Vorräten zur Kolonie in Sydney Cove in Port Jackson, Australien, geschickt wurden. Es gab sechs Schiffe in der Flotte: eine Eskorte der Royal Navy, vier Sträflingsschiffe und ein Versorgungsschiff.

Die Schiffe sollten gemeinsam nach Australien fahren und 1789 in Sydney Cove ankommen. Das Geleitschiff erlitt jedoch unterwegs Schiffbruch und kam nicht an, und ein Sträflingsschiff wurde aufgehalten und traf zwei Monate nach den anderen Schiffen ein.

Im Gegensatz zur ersten Flotte, wo große Anstrengungen unternommen wurden, um die Sträflinge gesund zu halten, wurde die zweite Flotte von privaten Unternehmen betrieben, die die Sträflinge unter entsetzlichen Bedingungen hielten. Als sie nach Sydney kamen, waren die kranken Sträflinge eine Belastung für die ohnehin schon angeschlagene Kolonie.