Das Flusstal und die Umgebung war ursprünglich von den Ojibwe, Dakota und neun anderen Indianerstämmen Amerikas besetzt. Die Indianer lebten hauptsächlich von wildem Reis, Fisch und Wild. Im achtzehnten Jahrhundert waren die Ojibwe und Dakota die beiden Hauptstämme, die das Gebiet bewohnten. Dies dauerte bis etwa 1745, als die Dakota infolge der Schlacht von Kathio aus dem St. Croix-Tal vertrieben wurden. Es ist erwähnenswert, dass noch heute viele Dakota und Ojibwe dieses Gebiet besetzen, da es besonders als Teil des Heimatlandes der Dakota gilt.
Pelzhandel
Die ersten Europäer, die in der Gegend ankamen, waren Sieur du Lhut und seine Männer im Herbst und Winter 1679-1680. Während der nächsten achtzig Jahre stand das Gebiet hauptsächlich unter französischem Einfluss. Der Pelzhandel wuchs in der ersten Hälfte des achtzehnten Jahrhunderts. Biberpelze waren eines der Hauptprodukte. Der französische Handel im oberen Tal wurde von den Ojibwe dominiert. Sie waren an Händler aus dem Oberen See gebunden. Im unteren Tal halfen die Dakota beim Handel mit Händlern aus St. Louis. Nach dem Ende des Französischen und Indischen Krieges 1763 drangen britische Händler in das Gebiet ein. Ihre Zahl und ihr Einfluss wuchs mit Hilfe der mächtigen North West Company.
Protokollierung
Durch den Vertrag von St. Peters mit den Ojibwe von 1837 erhielt die Regierung der Vereinigten Staaten ein großes Stück Land im heutigen Nord-Zentral-Wisconsin und Ost-Zentral-Minnesota. Dadurch wurde die Region für den Holzeinschlag geöffnet. Der Fluss war wichtig, um die Stämme flussabwärts zu den Sägewerken zu treiben, die sie verarbeiteten. In den 1840er Jahren befanden sich wichtige Sägewerke in St. Croix Falls und Marine on St. Croix. In den 1850er Jahren wurde Stillwater zum primären Bestimmungsort des Rundholzes. In dieser Zeit wuchs die Bevölkerung von Stillwater rasch an. Neue Sägewerke wurden eröffnet, und die Stadt erlebte einen Kapitalzufluss, vor allem von in St. Louis ansässigen Holzfirmen. Im Jahr 1856 begannen die Bauarbeiten an einer Auslegerbaustelle zwei Meilen nördlich von Stillwater. Sie diente zum Halten und Sortieren der flussabwärts treibenden Stämme. Der Boom war über fünfzig Jahre lang in Betrieb. Der Auslegerstandort St. Croix ist heute eine Raststätte am Wegesrand und ein nationales historisches Wahrzeichen entlang des Minnesota State Highway 95.
Im oberen St. Croix-Flusstal gab es ausgedehnte weisse Kiefernwälder. Sie lieferten die Waldprodukte, aus denen die Städte entlang des Lake St. Croix, Minneapolis und St. Paul gebaut wurden. St. Croix lieferte zusammen mit den Wäldern in den Tälern von Red Cedar, Chippewa und Rum Vorräte für den Bau von Winona, Minnesota, Davenport, Iowa, Rock Island, Illinois und St. Louis.
Die Holzindustrie wuchs in der zweiten Hälfte des neunzehnten Jahrhunderts weiter, wobei größere Holzantriebe im Frühjahr die Schifffahrt auf dem Fluss oberhalb von Stillwater gefährdeten. An den Engstellen des St. Croix River in der Nähe von St. Croix Falls gerieten die Stämme häufig in Baumstaus. Im Jahr 1883 war die Blockade so stark, dass es fast zwei Monate dauerte, bis der Rundholzfluss wieder hergestellt war. Auf seinem Höhepunkt im Jahr 1890 produzierte der Holzeinschlag im Tal des St. Croix River 450.000.000 Brettfuß (1.100.000 m3) Holz und Rundholz. Die Holzindustrie ging weiter, bis der letzte große Rundholzeinschlag 1912 das Ende der reichen weißen Kiefernwälder der Region markierte.
Entlang der Ufer des St. Croix, in der Mühlenstadt Stillwater, wurde der Bundesstaat Minnesota 1848 erstmals vorgeschlagen.