Die blauen Adern des Blue Stilton entstehen, indem die Käsekruste mit Edelstahlnadeln durchstochen wird. Dadurch kann Luft in den Kern eindringen. Der Käse wird dann neun bis zwölf Wochen gereift.
Damit Käse den Namen "Stilton" verwenden darf, muss er in einer der drei Grafschaften Derbyshire, Leicestershire und Nottinghamshire hergestellt werden und pasteurisierte Milch aus der Region verwenden. Die Hersteller von "Stilton"-Käse in diesen Grafschaften haben 1996 den Schutz nach europäischem Recht (DOP = geschützte Ursprungsbezeichnung) beantragt und erhalten.
Stichelton wird auf die gleiche Weise wie Stilton-Käse hergestellt und verwendet Kuhmilch aus Nottinghamshire, aber die Milch ist unpasteurisiert und kann daher unter der g.U. nicht als echter Stilton bezeichnet werden.
Im September 2016[update] sind nur sechs Molkereien zur Herstellung von Stilton lizenziert (drei in Leicestershire, zwei in Nottinghamshire und eine in Derbyshire). Jede Molkerei wird von einer unabhängigen, nach der Europäischen Norm EN 45011 akkreditierten Prüfstelle kontrolliert. Vier der lizenzierten Molkereien haben ihren Sitz im Vale of Belvoir, das sich über die Grenze zwischen Nottinghamshire und Derbyshire erstreckt. Dieses Gebiet gilt als das Kernland der Stilton-Produktion. Die Molkereien befinden sich in der Stadt Melton Mowbray und den Dörfern Colston Bassett, Cropwell Bishop, Long Clawson und Saxelbye.
Eine weitere Molkerei in Leicestershire befand sich auf dem Gelände von Quenby Hall in der Nähe des Dorfes Hungarton. Dort hatte es im 18. Jahrhundert eine Molkerei gegeben. Quenby Hall nahm die Stilton-Produktion in einer neuen Molkerei im August 2005 wieder auf, aber der Betrieb wurde 2011 geschlossen.
Die ehemalige Dairy Crest-eigene lizenzierte Molkerei, die Stilton in Hartington in Derbyshire produzierte, wurde 2008 von der Molkerei Long Clawson übernommen und 2009 geschlossen, wobei die Produktion nach Leicestershire verlagert wurde. Zwei ehemalige Mitarbeiter gründeten die Molkerei Hartington Creamery in Pikehall in der Gemeinde Hartington, die 2014 lizenziert wurde.
In dem Dorf, das dem Käse seinen Namen gab, darf kein Stiltonkäse hergestellt werden. Das Dorf Stilton liegt nicht in den drei zugelassenen Grafschaften; es liegt in der historischen Grafschaft Huntingdonshire in Cambridgeshire. Die Original Cheese Company beantragte bei der Defra, die DOP Stilton zu ändern, um das Dorf einzubeziehen, aber der Antrag wurde 2013 abgelehnt.
In Staffordshire wurde auch Stilton-Käse hergestellt. Die Familie Nuttall aus Beeby, Leicestershire, eröffnete 1892 eine Stilton-Käsefabrik in Uttoxeter, um die Vorteile der örtlichen Milch und der guten Transportverbindungen zu nutzen.