Die Normen für die Milchpasteurisierung wurden in den letzten Jahren aufgrund der Entdeckung von Krankheitserregern, die sowohl weit verbreitet als auch hitzebeständig sind (und die in der Lage sind, die Pasteurisierung in signifikanter Anzahl zu überleben), immer stärker unter die Lupe genommen. Die Forscher haben eine empfindlichere Diagnostik entwickelt, wie z.B. Echtzeit-PCR und verbesserte Kulturmethoden, die es ihnen ermöglicht haben, Krankheitserreger in pasteurisierter Milch zu identifizieren.
Insbesondere ein Bakterium, der Organismus Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP), der bei Rindern die Johne'sche Krankheit verursacht und im Verdacht steht, zumindest einen Teil der Crohn'schen Krankheit beim Menschen zu verursachen, hat in den USA, Grossbritannien, Griechenland und der Tschechischen Republik die Pasteurisierung in Einzelhandelsmilch überlebt. Die Behörden für Lebensmittelsicherheit im Vereinigten Königreich haben beschlossen, die Pasteurisierungsstandards im Lichte der MAP-Ergebnisse und anderer Beweise für schädliche, pasteurisierungsresistente Krankheitserreger neu zu bewerten.
Die USDA (die für die Festlegung von Pasteurisierungsstandards in den USA verantwortlich ist) hat ihre Position zur Angemessenheit der Pasteurisierung nicht neu bewertet. Sie bestreitet nicht die Studien, die zum gegenwärtigen Zeitpunkt von der wissenschaftlichen Gemeinschaft akzeptiert werden, behauptet jedoch, dass das Vorhandensein von MAP in pasteurisierter Milch im Einzelhandel auf eine Kontamination nach der Pasteurisierung zurückzuführen sein muss. Einige Forscher innerhalb der FDA, die für die Lebensmittelsicherheit in den USA zuständig ist, haben jedoch begonnen, auf eine Neubewertung dieser Ergebnisse zu drängen. Es gibt eine kleine, aber wachsende Menge an Kritik, die von Morbus-Crohn-Kranken, Wissenschaftlern und Ärzten an diese Behörden gerichtet wird. Einige haben angedeutet, dass es der US-Milchindustrie gelungen sei, die Reaktion der Behörden auf eine mögliche Gesundheitskrise zu unterdrücken, aus Angst vor einer Panik der Verbraucher, die zu einem Rückgang des Milchkonsums führen würde. Es ist erwähnenswert, dass zwar nicht eindeutig nachgewiesen wurde, dass MAP beim Menschen schädlich ist, dass aber alle anderen Mykobakterien pathogen sind, und dass es definitiv erwiesen ist, dass MAP bei Rindern und anderen Wiederkäuern Krankheiten verursacht.
Eine neuere Methode, die als Kurzzeiterhitzung bezeichnet wird, beinhaltet eine kürzere Aussetzung an höhere Temperaturen und es wird behauptet, dass sie bei einigen Produkten besser zur Erhaltung von Farbe und Geschmack geeignet ist.
Der Begriff Kaltpasteurisierung wird manchmal für den Einsatz ionisierender Strahlung (siehe Bestrahlung von Lebensmitteln) oder anderer Mittel (z.B. chemisch) zur Abtötung von Bakterien in Lebensmitteln verwendet. Die Bestrahlung von Lebensmitteln wird manchmal auch als "elektronische Pasteurisierung" bezeichnet.