Miserere mei, Deus ist eine Motette, die geschrieben wurde, um von zwei Chören gesungen zu werden. Ein Chor ist fünfstimmig - Sopran, Alt, zwei Tenöre und Bass. Der zweite Chor besteht aus zwei Sopran-, Alt- und Baritonstimmen. Ein Chor singt eine einfache Melodie namens Fauxbourdon, die auf einem Plainchant basiert. Der andere Chor singt eine kompliziertere Version mit einer Oberstimme, die bis zum oberen C reicht (der Ton ist zwei Oktaven höher als das mittlere C). Die Sängerinnen und Sänger haben auch einige Teile der Musik improvisiert, wobei sie kunstvoll verzierte Partien bildeten. Diese Improvisationen wurden nicht niedergeschrieben, sondern im Chor von Sänger zu Sänger weitergegeben.
Allegri schrieb das Miserere, das während der Osterfeierlichkeiten in der Sixtinischen Kapelle gesungen werden sollte. Während des Gottesdienstes, der um 3.00 Uhr morgens begann, würden 27 Kerzen brennen. Der Papst löschte die Kerzen nach und nach, bis nur noch eine Kerze brannte. Das Miserere wurde aufgeführt, während der Papst mit der einzigen Kerze am Altar betete.
Dieses Musikstück wurde sehr populär, und der Vatikan wollte nicht, dass jemand anders es aufführte. Niemand durfte die Musik aus der Kapelle wegnehmen oder Kopien davon anfertigen. Der Vatikan forderte die Exkommunikation aller, die versuchten, eine Kopie herzustellen. Bis 1770 gab es jedoch drei bekannte Kopien der Musik. Eine davon wurde Kaiser Leopold I. vom Papst übergeben. Wolfgang Amadeus Mozart besuchte die Sixtinische Kapelle während einer Europareise mit seinem Vater im Jahr 1770. Er war gerade 14 Jahre alt, hörte das Stück jedoch und schrieb noch am selben Tag die gesamte Musik aus der Erinnerung heraus. Bei einem zweiten Besuch konnte er überprüfen, ob er es richtig geschrieben hatte. Es wird vermutet, dass Mozarts Kopie der Musik nach England geschickt wurde, wo sie von Dr. Charles Burney veröffentlicht wurde. Es wird angenommen, dass Mozart die Improvisationen in seinem Exemplar geschrieben hätte. In Burneys Version fehlen die Improvisationen, so dass es möglich ist, dass er sie entfernt und Mozarts Kopie zerstört hat, um Probleme mit der Kirche zu vermeiden. Damals gab es keine Urheberrechtsgesetze, so dass der Vatikan nichts dagegen unternehmen konnte.
Man geht davon aus, dass sich die heute aufgeführte Version des Miserere mei Deus sehr von dem von Allegri komponierten Werk unterscheidet.
