Erste Amtszeit
Eine von Howards ersten Initiativen bestand darin, die Regierungen der Bundesstaaten Australiens zu vereinen, um ein Verbot des Waffenbesitzes in Australien durchzusetzen. Dieser Schritt erfolgte nach dem Massaker von Port Arthur in Tasmanien 1996, bei dem 35 Menschen durch die Hand eines Bewaffneten getötet und weitere 37 verletzt wurden. 1998 brachten Howard und sein Schatzmeister Peter Costello eine große Steuerreform (die GST) zur Wahl und gewannen.
Zweite Amtszeit
1999 hielt die Regierung von John Howard ein Referendum darüber ab, ob Australien eine Republik werden und einen Präsidenten statt einer Königin haben sollte. John Howard unterstützte das Referendum jedoch nicht und forderte die Menschen auf, mit Nein zu stimmen. Die von Kim Beazley angeführte Opposition der Australian Labor Party kritisierte John Howards Umgang mit dem australischen Waterfront-Disput von 1998.
Im Jahr 1999 führte Howard eine Truppe der Vereinten Nationen nach Osttimor (INTERFET), um ihnen beim Aufbau einer unabhängigen Demokratie zu helfen.
Dritte Amtszeit
Nach den Anschlägen vom 11. September war John Howard in Weltfragen involviert. Er stand George W.Bush, dem Führer der Vereinigten Staaten, nahe. George Bush nannte John Howard einen "Schlüsselverbündeten". John Howard schickte SAS-Truppen nach Afghanistan und in den Irak, um die Vereinigten Staaten zu unterstützen, und unterzeichnete ein Freihandelsabkommen mit den Vereinigten Staaten. Trotz dieser Allianz blieb Australien gegenüber Israel und Palästina ziemlich neutral.
Wie schon vor Howard wurde der australische Handel mit Asien größer, während John Howard an der Spitze stand. Er lud den chinesischen Führer Hu Jintao ein, zum ersten Mal vor dem australischen Parlament zu sprechen. Nach dem Tsunami am zweiten Weihnachtsfeiertag 2004 rief John Howard den indonesischen Präsidenten an und bot ihm eine Milliarde Dollar zur Hilfe an. John Howard erhöhte die Zuwanderung stark, und es kamen Menschen aus der ganzen Welt nach Australien, aber er versuchte, Boote mit Menschen zu stoppen, die ohne vorheriges Visum nach Australien kamen.
Vierte Amtszeit
Im Jahr 2005 machte er es den Chefs leichter, sich der Arbeiter zu entledigen, indem er die umstrittene WorkChoices-Arbeitsgesetzgebung einführte, die von seinem Minister für Arbeitsbeziehungen, Kevin Andrews, eingeführt wurde. Dies verärgerte die Menschen, und die Labor Party wurde populärer. Am 24. November 2007 gewann Kevin Rudd eine Wahl, und John Howard hörte auf, Premierminister zu sein. John Howard verlor auch seinen Sitz im Parlament an die Laborpartei-Kandidatin Maxine McKew, eine ehemalige ABC-Fernsehjournalistin.