Anaerobe Atmung ist eine Form der Atmung, bei der kein Sauerstoff verbraucht wird. Andere Elemente als Sauerstoff werden für den Elektronentransport verwendet. Übliche Ersatzstoffe für Sauerstoff sind Nitrate, Eisen, Mangan, Sulfate, Schwefel, Fumarsäure und Kohlendioxid. Escherichia coli verwendet Nitrate und Fumarsäure für die Atmung.

Damit die Elektronentransportkette funktioniert, muss am Ende der Kette ein abschließender Elektronenakzeptor vorhanden sein. Dieser ermöglicht den Elektronen den Durchgang durch die Kette. In aeroben Organismen ist dieser endgültige Elektronenakzeptor Sauerstoff. Molekularer Sauerstoff ist ein stark oxidierendes Mittel und daher ein ausgezeichneter Akzeptor. In anaeroben Organismen werden andere weniger oxidierende Substanzen wie Sulfat (SO42-), Nitrat (NO3-), Schwefel (S) verwendet. Diese terminalen Elektronenakzeptoren haben ein geringeres Reduktionspotential als O2, so dass pro oxidiertem Molekül weniger Energie freigesetzt wird. Anaerobe Atmung ist daher weniger effizient als aerobe Atmung, außer natürlich, wenn Sauerstoff knapp ist.

Wenn überhaupt kein Sauerstoff verwendet wird, spricht man von Gärung. Beispiele für Organismen, die Gärung verwenden, sind Milchsäurebakterien und Hefe. Hefe ist ein Pilz, keine Bakterie.

Die Gleichung für die anaerobe Atmung lautet: