Gen-Silencing ist ein allgemeiner Begriff, der epigenetische Prozesse der Genregulation beschreibt. Er wird verwendet, um das "Ausschalten" eines Gens durch einen anderen Mechanismus als die Gentechnik zu beschreiben. Das heißt, ein Gen, das unter normalen Umständen exprimiert ("eingeschaltet") würde, wird durch eine Maschine in der Zelle abgeschaltet. Wenn ein Gen stillgelegt wird, bedeutet dies, dass seine RNA nicht in der Lage ist, ein Protein herzustellen.
Gene werden entweder in der Transkriptionsphase oder später vor der Übersetzung reguliert.
Die transkriptionelle Genstilllegung erfolgt durch Histonmodifikationen, die das Heterochromatin um ein Gen legen. Das bedeutet, dass die Transkriptionsmaschinerie (RNA-Polymerase, Transkriptionsfaktoren usw.) nicht an das Gen gelangen kann. Gene können durch DNA-Methylierung zum Schweigen gebracht werden. Dies geschieht regelmässig während der Entwicklung, wenn Gene in verschiedenen Stadien an- und ausgeschaltet werden.
Das posttranskriptionelle Gen-Silencing erfolgt durch Blockieren oder Zerstören der mRNA eines bestimmten Gens. Die Zerstörung der mRNA verhindert die Übersetzung in ein aktives Genprodukt (in den meisten Fällen ein Protein). Ein üblicher Weg, die mRNA zum Schweigen zu bringen, ist die RNAi.
Sowohl transkriptionelle als auch post-transkriptionelle Gen-Silencing-Verfahren werden zur Genregulation eingesetzt. Methoden des Gene-Silencing schützen auch das Genom des Organismus vor Transposons und Viren. Gen-Silencing kann somit Teil eines alten Immunsystems sein, das Zellen vor solchen infektiösen DNA und RNA schützt.