Transposons finden sich in vielen Lebensformen. Sie können viele Male unabhängig voneinander entstanden sein, oder vielleicht auch nur einmal und sich dann durch horizontalen Gentransfer in andere Reiche ausgebreitet haben.
Während einige Transposons ihren Wirten Vorteile bringen können, werden die meisten als egoistische DNA-Parasiten betrachtet. Auf diese Weise sind sie den Viren ähnlich. Verschiedene Viren und Transposons haben auch gemeinsame Merkmale in ihren Genomstrukturen und biochemischen Fähigkeiten, was zu Spekulationen führt, dass sie einen gemeinsamen Vorfahren haben.
Übermäßige Transposonaktivität kann ein Genom zerstören, was tödlich ist. Viele Organismen haben Mechanismen entwickelt, um sie zu hemmen. Bakterien können die Gendeletion nutzen, um Transposons und Viren aus ihrem Genom zu entfernen, während eukaryotische Organismen die RNA-Interferenz (RNAi) nutzen, um die Transposonaktivität zu hemmen.
In den Zellen von Wirbeltieren fast alle der über 100.000 DNA-Transposons in einem Genomcode für inaktive Polypeptide. Beim Menschen sind alle Klasse-I-ähnlichen Transposons inaktiv. Das erste DNA-Transposon, das als Werkzeug für genetische Zwecke verwendet wurde, das Dornröschen-Transposonsystem, war ein Transposon, das aus einem langen evolutionären Schlaf wiederbelebt wurde.
Rolle im Immunsystem
Möglicherweise wurden Transposons vom Immunsystem der Wirbeltiere als Mittel zur Herstellung von Antikörperdiversität kooptiert: Das V(D)J-Rekombinationssystem funktioniert nach einem ähnlichen Mechanismus wie die Transposons. Dabei handelt es sich um ein System aus drei Genen, die bei der Produktion von Wirbeltier-Lymphozyten umarrangiert werden. Das System kodiert auf vielfältige Weise für Proteine, um Antigene von Bakterien, Viren, Parasiten, dysfunktionalen Zellen wie Tumorzellen und Pollen anzupassen.
Die endgültige DNA-Sequenz und damit die Sequenz des Antikörpers ist sehr variabel, selbst wenn die gleichen zwei V-, D- oder J-Segmente zusammengefügt werden. Diese große Diversität ermöglicht die Rekombination von VDJ zur Erzeugung von Antikörpern sogar gegen Mikroben, denen weder der Organismus noch seine Vorfahren jemals zuvor begegnet sind.