Unter bakterieller Konjugation versteht man die Übertragung von genetischem Material zwischen Bakterienzellen durch direkten Zell-zu-Zell-Kontakt oder durch eine brückenartige Verbindung zwischen zwei Zellen.

Konjugation ist ein Mechanismus des horizontalen Gentransfers, ebenso wie Transformation und Transduktion, obwohl diese beiden anderen Mechanismen keinen Zell-zu-Zell-Kontakt beinhalten.

Die bakterielle Konjugation wurde von den Nobelpreisträgern Joshua Lederberg und Edward Tatum entdeckt. Sie zeigten, dass das Bakterium Escherichia coli in eine sexuelle Phase eintrat, in der es genetische Informationen teilen konnte.

Die bakterielle Konjugation wird oft fälschlicherweise als das Äquivalent zur sexuellen Fortpflanzung angesehen, da sie den Austausch von genetischem Material beinhaltet. Während der Konjugation stellt die Spenderzelle ein konjugatives oder mobilisierbares genetisches Element zur Verfügung, bei dem es sich meist um ein Plasmid oder Transposon handelt. Die meisten konjugativen Plasmide verfügen über Systeme, die sicherstellen, dass die Empfängerzelle nicht bereits ein ähnliches Element enthält.

Die übertragene genetische Information ist für den Empfänger oft von Vorteil. Zu den Vorteilen können Antibiotikaresistenz, xenobiotische Toleranz oder die Fähigkeit zur Nutzung neuer Metaboliten gehören. Solche nützlichen Plasmide können als bakterielle Endosymbionten betrachtet werden. Andere Elemente können jedoch als bakterielle Parasiten betrachtet werden und die Konjugation als ein von ihnen entwickelter Mechanismus, der ihre Ausbreitung ermöglicht.