Ein Restriktionsenzym ist ein Enzym, das die DNA an bestimmten Stellen schneidet. Es arbeitet an oder in der Nähe von spezifischen Erkennungs-Nukleotidsequenzen, die als "Restriktionsstellen" bekannt sind. Um DNA zu schneiden, machen alle Restriktionsenzyme zwei Schnitte, einmal durch jeden Strang der DNA-Doppelhelix.
Diese Enzyme kommen in Bakterien und Archaeen vor und verteidigen sie gegen eindringende Viren, die Bakteriophagen sind.
Im Inneren eines Prokaryoten zerschneiden die Restriktionsenzyme selektiv Fremd-DNA in einem Prozess, der als Restriktion bezeichnet wird. Die Wirts-DNA wird durch ein weiteres Enzym geschützt, das die Wirts-DNA schützt und die Spaltung blockiert. Zusammen bilden diese beiden Prozesse das Restriktionsmodifikationssystem. Es ist das früheste und einfachste Immunsystem. Sie sind auch eine Art egoistisches, mobiles genetisches Element.
Über 3000 Restriktionsenzyme wurden eingehend untersucht, und mehr als 600 davon sind kommerziell erhältlich. Diese Enzyme werden routinemäßig zur DNA-Modifikation in Labors verwendet und sind ein wichtiges Werkzeug beim molekularen Klonen.