Menschen lebten in Salzburg seit der Jungsteinzeit bis heute. Der älteste Fund im Stadtgebiet stammt aus der Zeit um 4500 v. Chr. Ab 15 v. Chr. nach der römischen Besetzung wurde die Stadt Iuvavum genannt. Die römische Stadt lag in der heutigen Altstadt rund um den Waagplatz. Die Stadt wurde zu einem wichtigen Ort vom Osten bis in die Provinz Germanien. Die Römer verließen die Stadt mit Beginn der Barbarenwanderung um 500. Bis 696 kann nur wenig über die Geschichte gesagt werden. 696 wurde die Stadt von Herzog Theodo II. von Bayern an Bischof Rupert übergeben. Rupert wurde von dem Herzog beauftragt, das Christentum in den Osten und Südosten seines Landes zu bringen. Rupert gründete das Kloster St. Peter und für Frauen das Kloster Nonnberg. 739 wurde Salzburg Bischofssitz und 774 wurde die erste Kathedrale gebaut. 998 Salzburg wurde Erzbistum und regierte den gesamten bayerischen Raum.
Im Mittelalter wurde Salzburg durch den Handel mit Salz aus dem nahe gelegenen Dürnberg in Hallein reich. Bis zum 14. Jahrhundert wurde Salzburg von Bayern unabhängig und war ein Staat innerhalb des Heiligen Römischen Reiches. Im Gegensatz zu anderen Städten des Reiches standen die Salzburger Bürger unter dem Kommando des Erzbischofs. In der Barockzeit wurde das Aussehen der heutigen Stadt geprägt. Der Dom wurde im Barockstil wieder aufgebaut. Die meisten Architekten kamen aus Italien. 1622 wurde eine Universität gegründet. Aufgrund der Tatsache, dass es sich um einen katholischen Staat handelte, hatten die Protestanten in Salzburg ein hohes Ansehen. Dennoch mussten 1731 Protestanten, die nicht zum katholischen Glauben zurückkehrten, Salzburg innerhalb von acht Tagen verlassen.
Zu Beginn des 19. Jahrhunderts förderte Napoleon Bonaparte das Herzogtum Salzburg, das später zum Königreich Bayern gehörte. Dann wurde Salzburg von Österreich annektiert, an Bayern zurückgegeben und zwischen Bayern und Österreich aufgeteilt. 1918 wurde Salzburg ein Bundesstaat der neuen Republik Österreich. 1938 annektierte Deutschland Österreich und Salzburg war ein Teil Deutschlands. 1945, als Österreich von Deutschland unabhängig war, wurde Salzburg wieder ein Bundesstaat.