Am 2. Juni 1609 segelte Hopkins über den Atlantik nach Jamestown, Virginia on the Sea Venture. Dies war das Leitschiff einer Gruppe von Schiffen unter der Leitung von Sir George Somers. Die Sea Venture beförderte den neuen Gouverneur von Jamestown, Thomas Gates, und lieferte auch Vorräte nach Jamestown.
Die Schiffe waren fast zwei Monate lang auf See, als ein schwerer Sturm, der fünf Tage lang andauerte, dazu führte, dass die Schiffe getrennt wurden. Die Sea Venture wurde schwer beschädigt und drohte zu sinken. Sie sahen Land, das die Insel Bermuda war. Sie schafften es an Land, erlitten aber auf der Insel Schiffbruch. Glücklicherweise gab es viel Nahrung und Wasser.
Am 1. September 1609 bauten sie ein Langboot und schickten 8 Männer aus, um zu versuchen, Jamestown zu erreichen und Hilfe zu holen, aber das Boot kehrte nie zurück.
Ende November 1609 beginnen sie mit der Reparatur kleinerer Boote, die ausreichen, um alle von der Insel zu bringen und nach Jamestown weiterzufahren. Hopkins und andere Leute waren mit Kapitän Gates nicht einverstanden und hielten ihn nicht für einen guten Anführer. Sie hatten einen Streit, und Hopkins wurde wegen Meuterei angeklagt. Er wurde zum Tode verurteilt, aber die Menschen auf dem Schiff flehten den Kapitän um Gnade an, und Hopkins wurde vergeben.
Die Siedler in Jamestown verstanden sich nicht mit den Ureinwohnern Amerikas und sie weigerten sich auch, Landwirtschaft zu betreiben und Nahrungsmittel anzubauen. Manchmal betrogen sie die Ureinwohner Amerikas und wandten sich mit jahrelanger Gewalt gegen die Siedler.
Am 10. Mai 1610 verließen Hopkins und andere die Insel Bermuda und kamen elf Tage später nach Jamestown. Die Menschen in Jamestown waren am Verhungern. Sie hatten Angst, das Fort zu verlassen, und rissen ihre Häuser für Brennholz nieder. Sie pflanzten keine Feldfrüchte an. Sie weigerten sich auch, mit den amerikanischen Ureinwohnern Handel zu treiben oder zu fischen. Als er von den Bermudas ankam, schätzte Gouverneur Gates, dass nur noch Lebensmittel im Wert von Tagen übrig waren. Er beschloss, nach Neufundland zu segeln und ging dann nach England. Gerade als sie sich auf die Abreise vorbereiteten, kam ein englisches Schiff mit Vorräten und neuen Siedlern zusammen mit einem neuen Gouverneur, Lord de la Warr, in den Hafen. Die Kolonisten waren gezwungen, zurückzukehren und ihr Fort wieder aufzubauen.
William Shakespeare schrieb im November 1611 ein Stück mit dem Titel Der Sturm. Es handelt von einer Gruppe von Passagieren, die in einem gewaltigen Sturm Schiffbruch erlitten. Das Stück hat eine Figur, die eigentlich Stephen Hokpins sein sollte.
Zurück in England starb Hopkins' Frau Mary im Mai 1613 unerwartet und ließ ihre drei kleinen Kinder ganz allein zurück. Hopkins kehrte nach England zurück, um sich um seine Kinder zu kümmern. Einige Zeit später heiratete er seine zweite Frau Elizabeth Fisher.
Als Hopkins von der geplanten ''Mayflower'-Reise nach Nordvirginia zur Gründung einer Kolonie erfuhr, beschloss er, dass er gerne dorthin fahren würde.
Die Kinder von Stephen und Elizabeth Hopkins waren Damaris, Oceanus, Kaleb, Deborah, Damaris, Ruth und Elizabeth. Oceanus wurde während der Reise geboren.