Sahm starb am 18. November 1999 im Schlaf in einem Motelzimmer in Taos, New Mexico, an einem Myokardinfarkt. Er ist im Sunset Memorial Park in San Antonio begraben.
Ein postumes Album, The Return of Wayne Douglas, wurde im Jahr 2000 veröffentlicht. Sahm's Sohn Shawn leitet seine eigene Tex-Mex-Band. Sie waren 1968 als Vater und Sohn auf dem Cover von Rolling Stone zu sehen. Doug Sahms anderer Sohn, Shandon Sahm, ist seit 2010 der Schlagzeuger der Meat Puppets.
Sahm wurde in den South Texas Music Walk of Fame aufgenommen. Im Jahr 2008 wurde er in die erste Gruppe des Austin Music Memorial aufgenommen. Außerdem wurde er 2002 mit dem Presidents Award der Americana Music Association (AMA) ausgezeichnet.
Im Jahr 2008 genehmigte Austin, Texas, die Benennung von Doug Sahm Hill in einem Park in der Nähe des Lady Bird Lake, um ihn zu ehren.
Im Oktober 2012 spielte Steve Earle beim Hardly Strictly Bluegrass Festival im Golden Gate Park eine Hommage an Sahm. Seine Gruppe spielte mehrere von Sahm's Americana-Songs.
Ein Dokumentarfilm, Sir Doug & the Genuine Texas Cosmic Groove, der auf dem Musikfestival South by Southwest (SXSW) uraufgeführt wurde. Das war am 19. März 2015 in Austin, Texas.