Die ersten Siedler kamen im Winter 1836 aus Harris County, Georgia, an. Der Anführer dieser Siedler war der Richter John J. Harper. Sie wollten eine Stadt bauen, die das Religions- und Bildungszentrum für dieses Gebiet werden sollte.
Auburn wurde erstmals am 2. Februar 1839 offiziell erwähnt. Zu dieser Zeit bedeckte es eine Fläche von 2 Quadratmeilen (5,2 Quadratkilometer). Zu dieser Zeit wurden bereits Methodisten- und Baptistenkirchen und auch eine Schule gebaut. Mitte der 1840er Jahre wurden neben der Grundschule auch verschiedene Akademien für Jungen und Mädchen gegründet. Bis 1858 waren von den etwa 1.000 freien Bewohnern von Auburn etwa 500 Studenten.
1856 gestattete die Legislative des Bundesstaates den Bau eines methodistischen College, des East Alabama Male College in Auburn. Dieses College, die heutige Auburn University, öffnete 1859 seine Pforten. Es bot eine klassische und liberale Ausbildung.
Mit dem Bürgerkrieg 1861 leerte sich Auburn schnell. Alle Schulen und die meisten Geschäfte wurden geschlossen. In Auburn befand sich ein Krankenhaus für Soldaten der texanischen Konföderation.
Nach dem Bürgerkrieg geriet Auburn in eine lange Depression. Öffentliche Schulen wurden erst Mitte der 1870er Jahre wieder eröffnet. Die meisten Betriebe blieben geschlossen. Eine Reihe von Bränden in den 1860er und 1870er Jahren brannte das Stadtzentrum nieder. Das East Alabama Male College wurde 1872 an den Staat übergeben.
Im Jahr 1892 wurde das College das erste Vier-Jahres-College in Alabama, an dem Frauen studieren dürfen. Dies, kombiniert mit neuen Finanzierungsgeschäften, ermöglichte es der Stadt, wieder zu expandieren. Bis 1910 hatte die Bevölkerung von Auburn wieder das Vorkriegsniveau erreicht. Die von der Fussballmannschaft des Auburn College gewonnenen Meisterschaften der SIAA-Konferenz lenkten die Aufmerksamkeit und Unterstützung auf Auburn. Dies half, die Kassen der Stadt zu füllen.
Mit dem Eintritt Amerikas in den Zweiten Weltkrieg begann wieder Geld nach Auburn zu fließen. Der Campus von Auburn wurde zu einem Trainingsgelände für technische Spezialisten der Streitkräfte. Nach dem Krieg wurde Auburn von Soldaten überflutet, die mit dem G.I. Bill in die Schule zurückkehrten.
Aufgrund dieses Anstiegs der Studentenzahlen begann für Auburn eine Wachstumsphase, die bis in die 1950er und 1960er Jahre andauerte. Auburn wuchs außerhalb der ursprünglichen Grenzen der Stadt. Auburn wuchs auf eine Fläche von fast 24 Quadratmeilen (62 Quadratkilometer) an. Im Jahr 1957 begann der Bau der Interstate 85. Diese verband Auburn mit den wichtigsten Städten des Staates. Dadurch konnte die Auburn University mehr Heimspiele in Auburn ansetzen. Auch der Tourismussektor in Auburn wurde dadurch gefördert.
In den 1970er Jahren verlangsamte sich das Wachstum etwas. Eine Reihe von Haushaltskürzungen machte deutlich, dass die wirtschaftliche Konzentration auf die Auburn University die Stadt in eine schlechte Position brachte.
Eine Reihe von Berichten in den 1980er und 1990er Jahren machte das öffentliche Schulsystem von Auburn zu einem der besten des Bundesstaates. Zwischen 1980 und 2003 wuchs die Bevölkerung von Auburn um 65%. Die Wirtschaft von Auburn wuchs um 220%. Mit dem Wachstum kamen Probleme der Zersiedelung. Dies wurde zum wichtigsten politischen Thema in Auburn an der Wende des 21. Jahrhunderts.
