Am 30. Juni baten die Unsterblichen Sieben William, der sich mit Mary in den Niederlanden aufhielt, heimlich, mit einer Armee nach England zu kommen. William, der eifersüchtig auf Marys Position und Macht war, wollte zunächst nicht gehen. Aber Mary sagte William, dass sie sich nicht um politische Macht schere. Sie sagte, "dass sie nicht mehr als seine Frau sein würde, und dass sie alles in ihrer Macht Stehende tun würde, um ihn zum König auf Lebenszeit zu machen".
William stimmte dem Angriff zu. Er erklärte, dass James' neugeborener Sohn der "vorgetäuschte Prinz von Wales" sei. Er gab auch eine Liste der Wünsche des englischen Volkes und sagte, dass er nur "ein freies und rechtmäßiges Parlament" haben wolle. Die niederländische Armee, die im Oktober durch einen Sturm zurückgeworfen worden war, landete am 5. November. Die englische Armee und Marine gingen zu William über. Zu diesem Zeitpunkt war das Vertrauen des englischen Volkes in James sehr gering. Sie versuchten nicht einmal, ihren König zu retten. Am 11. Dezember versuchte der König zu fliehen, scheiterte aber. Am 23. Dezember versuchte er erneut zu fliehen. Dieser zweite Versuch war erfolgreich, und James floh nach Frankreich. Dort lebte er bis zu seinem Tod im Exil.
Obwohl Mary wegen der Absetzung ihres Vaters traurig war, befahl William ihr, bei ihrer Ankunft in London glücklich auszusehen. Aus diesem Grund dachten die Leute, sie sei ihrem Vater gegenüber kalt. James dachte auch, dass seine Tochter ihm untreu war. Dies verletzte Mary zutiefst.
Im Jahr 1689 kam ein vom Prinzen von Oranien einberufenes Konventsparlament zusammen, um zu erörtern, was sie tun sollten. Wilhelm von Oranien fühlte sich in seiner Position unbehaglich. Er wollte als König regieren, nicht nur als Ehemann einer Königin. Das einzige Beispiel für eine gemeinsame Monarchie stammt aus dem sechzehnten Jahrhundert. Jahrhundert. Das waren Königin Maria I. und der spanische Prinz Philipp. Als sie heirateten, wurde vereinbart, dass Prinz Philip den Titel eines Königs annehmen würde. Aber Philip II. war nur zu Lebzeiten seiner Frau König. Er hatte auch nicht viel Macht. William wollte auch nach dem Tod seiner Frau König bleiben. Einige wichtige Leute schlugen vor, Mary zur einzigen Herrscherin zu machen. Aber Mary, die ihrem Mann treu war, lehnte ab.