Der Name der Gemeinde geht auf das Augustinerkloster Crucelin zurück, das später in Abtei Kreuzlingen umbenannt wurde. Es wurde 1125 vom Konstanzer Bischof Ulrich I. erbaut. Im Schwabenkrieg und im 30jährigen Krieg nach der Belagerung Konstanz durch schwedische Truppen wurde das Kloster Kreuzlingen von den Konstanzern niedergebrannt. Das Verbrechen wurde den Mönchen angelastet, weil sie den Feind unterstützt hatten. Im Jahr 1650 wurde das Kloster an seinem heutigen Standort wieder aufgebaut. Durch die Säkularisation 1848 wurden die Gebäude zu einer Schule. Die Kapelle wurde eine katholische Kirche.
Bereits in der Bronzezeit lebten Menschen im Kreuzlinger Raum. Keltische und römische Münzen und Artefakte zeigen, dass im Gebiet vor der Schrift weiterhin Menschen angesiedelt waren. Kurzrickenbach wird erstmals 830 als Rihinbah erwähnt, Egelshofen wird 1125 als Eigolteshoven und Emmishofen wird 1159 als Eminshoven erwähnt. Das Gebiet der Gemeinde gehörte, mit Ausnahme des Augustinerklosters, dem Bischof von Konstanz.
Bis Anfang des 19. Jahrhunderts war der heutige Ortskern von Kreuzlingen noch weitgehend landwirtschaftlich geprägt. Die ersten Dampfschiffe nahmen 1824 den Betrieb auf dem Bodensee auf. Die erste Bahnlinie nach Romanshorn wurde 1871, die zweite nach Etzwilen 1875 fertiggestellt. Dies brachte Handel und Industrie in die Gegend. 1874 wurde Kreuzlingen anstelle des bisherigen Hauptortes Gottlieben zur Bezirkshauptstadt. Bis zum Ersten Weltkrieg war Kreuzlingen jedoch eine Art Vorort von Konstanz. Der größte Teil der Gewinne ging an deutsche Firmen. Der Krieg machte Kreuzlingen unabhängiger.
w:Das Sanatorium Bellevue (1857-1980), das einen Teil des alten Klosters besetzte, spielte in der Geschichte Kreuzlingens eine wichtige Rolle. Ein Mann namens Ignaz Vanotti aus Konstanz kaufte 1842 ein grosses Grundstück und errichtete 1843 ein Gebäude für die Auswandererpresse von Bellevue, das zuvor in der Römerburg gelegen hatte. 1857 kaufte Ludwig Binswanger, ein Psychiater aus Münsterlingen, das Grundstück und eröffnete ein privates Sanatorium. Die Klinik war sehr modern und befand sich fast 120 Jahre lang in der Hand der Familie Binswanger. Im Sanatorium wurden wichtige psychiatrische Entdeckungen, insbesondere unter der Kontrolle des Enkels des Gründers, vor allem in der Entwicklung der existentialistischen Psychotherapie gemacht. Es sind jedoch nur noch wenige seiner Gebäude erhalten.