Molekulare Evolution ist der Prozess der Evolution von DNA, RNA und Proteinen.
Die molekulare Evolution entwickelte sich in den 1960er Jahren zu einem wissenschaftlichen Gebiet, als Forscher aus der Molekularbiologie, der Evolutionsbiologie und der Populationsgenetik versuchten, die Struktur und Funktion von Nukleinsäuren und Proteinen zu verstehen. Einige der Schlüsselthemen waren die Evolution der Enzymfunktion, die Verwendung von Nukleinsäureveränderungen als molekulare Uhr zur Untersuchung der Artendivergenz und der Ursprung von nicht-funktionaler oder Junk-DNA.
Jüngste Fortschritte in der Genomik, einschließlich der Sequenzierung ganzer Genome, und der Bioinformatik haben zu einem dramatischen Anstieg der Studien zu diesem Thema geführt. In den 2000er Jahren wurden die Rolle der Genverdoppelung, das Ausmaß der adaptiven molekularen Evolution gegenüber der neutralen genetischen Drift und die Identifizierung der molekularen Veränderungen, die für verschiedene menschliche Eigenschaften verantwortlich sind, insbesondere jene, die Infektion, Krankheit und Kognition betreffen, untersucht.