Um 1000 v. Chr. siedelten sich große Gruppen von Menschen in diesem Gebiet an. Dies waren die Umbrer. Sie lebten in kleinen befestigten Dörfern auf der Höhe. Ab 450 v. Chr. wurden die umbrischen Dörfer von den Etruskern übernommen. Dann übernahmen die Römer durch die Schlacht von Sentinum 295 v. Chr. die Kontrolle über Mittelitalien. Sie planierten terrassenförmig etwas Land (breite Stufen) und errichteten auf der Seite des Monte Subasio eine große Stadt namens Asisium. Aus dieser Stadt wurde Assisi. In Assisi sind noch einige Gebäude aus der Römerzeit zu sehen. Dazu gehören die Stadtmauern, der Hauptplatz und der Tempel der Göttin Minerva, der heute eine Kirche namens Santa Maria sopra Minerva ist.
Im Jahr 238 n. Chr. wurde das gesamte Volk von Assisi aufgrund der Lehre von Bischof Rufino christlich. Er wurde zum Märtyrer gemacht. Man glaubt, dass sein Leichnam unter der Kathedrale von San Rufino in Assisi begraben ist.
Die Ostgoten von König Totila zerstörten 545 den größten Teil der Stadt. Danach wurde Assisi von den Langobarden, die aus Norditalien kamen, und dann von den fränkischen Herrschern regiert.
Im 11. Jahrhundert (1000er Jahre) wurde Assisi eine freie Stadt. Doch es kam zu ständigen Kämpfen zwischen zwei Gruppen, den Ghibellinen und den Welfen. Assisi unterstützte hauptsächlich die Ghibellinen, aber die nächste große Stadt, Perugia, unterstützte die Welfen. Während der Schlacht von Ponte San Giovanni (Johannesbrücke) gelang es den Welfen aus Perugia, einen jungen Mann aus Assisi zu fangen. Sein Name war Francesco di Bernardone. Der junge Francesco beschloss unter anderem aufgrund seiner Erfahrungen bei der Gefangennahme, sich vom Soldatenberuf zu verabschieden. Als er in das Haus seines Vaters zurückkehrte, legte er all seine Reichtümer ab und wurde ein armer Wanderprediger, der den Menschen sagte, sie sollten sich an Gott wenden und in Frieden miteinander leben. Er arbeitete mit den Armen und den Ausgestoßenen. Sie hatten keine Kirche außer einer Ruine. Franziskus und seine Freunde bauten die winzige Kirchenruine wieder auf, damit die Hirten und andere arme Menschen darin anbeten konnten. Sie wird die "Portiunkula" genannt. Francesco (Franziskus) gründete den Orden der Franziskaner. Er wurde 1228 "heiliggesprochen" (heilig gesprochen) und ist bekannt als der heilige Franziskus. Franziskus bekannt. Er ist einer der beliebtesten Heiligen.
An der Seite des Berges wurde zu Ehren des Heiligen Franziskus eine große Basilika-Kirche gebaut, die mit Szenen aus seinem Leben wunderschön dekoriert war. Eine der berühmtesten Szenen zeigt die Geschichte des heiligen Franziskus, der zu den Vögeln predigt. 1997 wurde Assisi von den beiden Erdbeben heimgesucht. Ein Teil des Daches der Basilika stürzte ein, wobei vier Menschen, die darunter standen, getötet und die bemalte Decke beschädigt wurden. Viele Menschen "spendeten" (gaben Geld), um das Gebäude zu reparieren, das weniger als zwei Jahre später wiedereröffnet wurde.