Die Ernährungsgewohnheiten von Quetzalcoatlus (der einen langen Schnabel ohne Zähne hatte) sind unbekannt. Diese Frage und sein Flug werden noch diskutiert. Das Fehlen eines detaillierteren Skeletts ist das Hauptproblem bei den Schlussfolgerungen. Es wurden zwei Theorien vorgeschlagen.
Eine Idee ist, dass es Fisch gefressen hat, indem es mit dem Kiefer ins Wasser flog und Fische aufschnappte, wenn es sie traf. Texas war zu dieser Zeit weitgehend vom westlichen inneren Seeweg bedeckt. "Von diesen vorgeschlagenen Lebensweisen scheint sich das Fischfressen während des Fluges am meisten durchgesetzt zu haben, wobei das Abschöpfen des Futters eine häufig vorgeschlagene Fütterungsmethode ist.
Die andere Theorie besagt, dass es sich an Land ernährte, zum Teil als Aasfresser, wie Geier und Bussarde, und dass es sich von Kleintieren ernährte. Diese Ansicht setzt sich immer mehr durch, da der Kiefer nicht die Anpassungen für das Abschöpfen zeigt, die man bei modernen Vögeln findet, die auf diese Weise Fische fangen.
Im Flug war es sicherlich ein Aufsteiger, der in einer warmen Umgebung in Aufwärtsströmungen flog, und seine Überreste stammen von einem Ort, der weit im Landesinneren in der Kreidezeit lag.