Es wird zwischen Taxonomie und Systematik unterschieden. Die Systematik befasst sich damit, wie sich Gruppen zueinander verhalten. Die Taxonomie befasst sich mit der Bildung von Gruppen (Taxa), der Entscheidung, was zusammengehört. Die Taxonomie wird auch als Klassifikation bezeichnet.
Ein besonderer Teil der Taxonomie ist die Nomenklatur. Diese besteht aus Regeln, welche Namen verwendet werden sollen. Ein Taxonom entscheidet also zunächst, was in eine Gruppe gehört und was nicht, und verwendet dann die Nomenklatur, um zu entscheiden, welchen Namen diese Gruppe haben soll. Wenn eine Gruppe größer oder größer gemacht wird, kann sie einen anderen Namen erhalten. Andererseits kann sich derselbe Name auf ein größeres Taxon (nach einem bestimmten Taxonomen) oder ein kleineres Taxon (nach einem anderen Taxonomen) beziehen. Das bedeutet, dass wissenschaftliche Namen nicht garantiert stabil sind. Die meisten Namen sind stabil, aber für einige Taxa gibt es keine Einigung über ihren Namen, weil sich die Taxonomen nicht darüber einig sind, was zusammengehört und was nicht.
Ein Taxonom kann selbst entscheiden, welche wissenschaftlichen Gründe er für die Bildung einer Gruppe (eines Taxons) anführt. Wenn er in seiner Wahl nicht überzeugend ist, werden andere Taxonomen nicht mit ihm übereinstimmen, und sie werden dann andere Vorkehrungen treffen. Heutzutage soll die biologische Klassifikation meist nach evolutionären (phylogenetischen) Beziehungen erfolgen, soweit diese bekannt sind.
