Am 24. Juli 1844, nach der Unabhängigkeit der Dominikaner, richtete die Regierung fünf Abteilungen ein (eine andere Bezeichnung für die Provinz); eine dieser Abteilungen war die Abteilung El Seibo mit den Gemeinden El Seibo, Hato Mayor, Higüey und Samaná. Die erste dominikanische Verfassung behielt diese Aufteilung bei, jedoch als Provinzen statt als Abteilungen.
Die ursprüngliche Provinz umfasste den gesamten östlichen Teil von Hispaniola, einschließlich der Halbinsel Samaná. Doch schon bald wurde die Provinz verkleinert, um neue Provinzen zu bilden. Die ersten beiden neuen Provinzen, die mit dem Land der Provinz El Seibo gebildet wurden, waren Samaná 1865 und San Pedro de Macorís 1882.
1961 wurde die alte Provinz La Altagracia, die später in die Provinzen La Altagracia und La Romana aufgeteilt wurde, aus der Provinz El Seibo gemacht. Die letzte Provinz, die aus einem Teil von El Seibo gebildet wurde, war Hato Mayor 1984.
Menschen aus dieser Provinz nahmen während des Unabhängigkeitskrieges am Krieg gegen Haiti teil; der Anführer war Pedro Santana, der eine Farm in der Nähe der Stadt El Seibo besaß und der erste Präsident des Landes wurde.
Davor kämpften Menschen aus El Seibo gegen die französische Armee. Die wichtigste Schlacht war die Palo-Hincado-Schlacht, die das dominikanische Volk am 7. November 1808 in einer Savanne (Palo-Hincado-Savanne) östlich von Santa Cruz del Seibo gewann. Bald mussten die Franzosen das Land und die ganze Insel verlassen; sie hatten auch Haiti verloren.
Die Gemeindebezirke der Provinz wurden in geschaffen:
- 1997 : Pedro Sánchez
- 2001 : El Cedro
- 2005 : La Gina
- 2006 : San Francisco-Vicentillo und Santa Lucía