Samaná wurde im Januar 1493 von Christoph Kolumbus während seiner ersten Reise nach Amerika besucht. Zu diesem Zeitpunkt wurde Samaná von den Ciguayos besetzt, einem Stamm der Ureinwohner Amerikas mit der gleichen Kultur der Taínos, aber einer anderen Sprache. Sie waren die ersten Indianer, die gegen die Europäer kämpften.
Nach der Eroberung der Insel Hispaniola durch die Spanier wurde Samaná von verschiedenen Gruppen von Europäern, hauptsächlich Franzosen, besetzt. Einige Gruppen von Maroon (entflohene Sklaven) lebten viele Jahre lang in den Bergen.
Um gegen diese europäischen Gruppen zu kämpfen, brachte Spanien Galeeren mit (eine Galeere war ein schmales Kriegsschiff, auf dem Gefangene und Sklaven zum Bewegen des Schiffes eingesetzt wurden) und gründete 1756 mit Menschen von den Kanarischen Inseln die Stadt Santa Bárbara de Samaná an der Nordküste der Bucht von Samaná.
Als der östliche Teil der Hispaniola (die Kolonie Santo Domingo) 1795 an Frankreich übergeben wurde, versuchte die französische Regierung, die Region zu entwickeln, und viele französische Familien zogen nach Samaná, um Kaffee anzubauen; viele Orte in Samaná haben französische Namen. Die meisten dieser französischen Familien verließen Samaná, als Spanien 1809 die Kolonie wieder übernahm.
Während der haitianischen Besetzung (1822 - 1844) wurde in Los Cacaos (westlich von Santa Bárbara de Samaná) eine Festung gebaut, um die Bucht von Samaná zu kontrollieren; eine weitere kleine Festung wurde in El Limón an der Nordküste errichtet.
Jean-Pierre Boyer, Präsident von Haiti, schickte einige haitianische Familien nach Tessón, nördlich von Santa Bárbara de Samaná. Boyer brachte Ex-Sklaven aus Philadelphia in das Land, und 200 von ihnen wurden nach Samaná gebracht. Sowohl die haitianische als auch die amerikanische Bevölkerung behielten ihre Sprachen und Traditionen bei.
Nach der Unabhängigkeit versuchten mehrere dominikanische Regierungen, die Bucht von Samaná mit der Halbinsel an mehrere ausländische Regierungen zu verkaufen oder zu vermieten, jedoch ohne Ergebnis.
1888 begann die Eisenbahn von Sánchez nach La Vega (in der Provinz La Vega) durch die reiche Region des Cibao zu verkehren. Sánchez wurde für den Rest des 19. und Anfang des 20. Jahrhunderts zum wichtigsten Hafen des Landes. Die Eisenbahn arbeitete bis 1966.
Er wurde am 4. Juni 1867 als Seebezirk (eine besondere Verwaltungskategorie, die aufgegeben wurde) gegründet. Die dominikanische Verfassung von 1907 änderte seinen Status in eine Provinz mit den Gemeinden Samaná und Sánchez. Im Jahr 1966 wurde Las Terrenas zur dritten Gemeinde der Provinz ernannt.
El Limón wurde 2001 zum Gemeindebezirk, Arroyo Barril 2003 und Las Galeras 2005.