Everton startete 1878 unter dem Namen St. Domingo's FC. Zunächst war er nur für Leute gedacht, die in die Kirche St. Domingo's gingen, aber so viele Leute waren interessiert, dass sie auch Leute aus der Umgebung mitmachen ließen. Ein Jahr später wurde der Club nach der Gegend in Everton Football Club umbenannt. Das erste Spiel des Everton Football Club überhaupt fand 1879 gegen eine Mannschaft namens St. Peter's statt. Everton gewann 6:0.
Everton trat in der Saison 1886/87 in den FA Cup ein. Sie wurden in der ersten Runde von den Rangers mit 1:0 geschlagen. Als der Fussball in England immer beliebter wurde, erkannten die Klubs, dass sie eine organisierte Liga brauchten. 1888 wurde die Football League gegründet. Everton gehörte zu den 12 Gründungsmitgliedern. Preston North End gewann die ersten beiden Ligen und Everton gewann 1891 die dritte. Sie gewannen 1905 ihre zweite Trophäe, den FA Cup, aber gewannen erst 1916 eine weitere. Erst 1927 hatte Everton seine erste lange Erfolgsperiode. Im Jahr 1925 verpflichteten sie Dixie Dean, und 1927 erzielte er 60 Tore in 39 Spielen, stellte damit einen neuen Weltrekord auf und führte Everton zu einem weiteren Ligatitel. Everton wurde 1930/1931 in die zweite Liga abgestiegen oder in die zweite Liga verwiesen. Innerhalb eines Jahres wurde er wieder aufgestiegen, und seitdem ist der Klub nicht mehr abgestiegen, mit Ausnahme von 1950/51 (was zu drei Spielzeiten in der zweiten Liga führte). Damit sind sie die englische Fussballmannschaft mit den meisten aufeinanderfolgenden Spielzeiten in der obersten Liga des englischen Fussballs, abgesehen von Arsenal, das seit 1919/20 ununterbrochen in der ersten Liga spielt.
Evertons zweite erfolgreiche Periode kam nach 1961, als Harry Catterick die Stelle des Managers erhielt. Mit Catterick an der Spitze gewann Everton zwischen 1961 und 1970 zwei Ligatitel und vier Pokale. Dieser Erfolg hielt jedoch nicht lange an, und nach drei Jahren mit niedrigen Liga-Endergebnissen kündigte Catterick seinen Job. Für den Rest der 1970er Jahre belegte der Klub mit einer Reihe von erfolglosen Managern Positionen in der Mitte der Tabelle bzw. des Mittelfeldes. 1981 ernannte der Klub Howard Kendall zum neuen Manager. Er drehte Everton um und wurde schließlich der erfolgreichste Manager in der Geschichte des Klubs. Zwischen 1981 und 1987 gewann er zwei Ligatitel und drei Pokale. Diese Ära brachte Everton auch den einzigen europäischen Pokalsieg, den Cup Winners Cup 1985. Im Halbfinale besiegte Everton den deutschen Meister Bayern München mit 3:1, ein Spiel, das im Goodison Park zum größten aller Zeiten gewählt wurde. Im Finale siegte Everton erneut mit 3:1 gegen Rapid Wien und krönte sich damit zum Europapokal der Pokalsieger, dem ersten und bisher einzigen Europameistertitel.
1985 starben mehrere Liverpooler und 39 Juventus-Fans, als die Menge in einem Stadion im belgischen Heysel zu kämpfen begann. Die UEFA entschied, dass die Liverpooler Fans die Hauptschuld trugen. Aus diesem Grund durften alle englischen Vereine bis 1991 nicht gegen europäische Mannschaften spielen. Dadurch wurde Everton die Chance verwehrt, seinen europäischen Titel zu verteidigen, und die Mannschaft löste sich allmählich auf und verkaufte viele ihrer besten Spieler an andere europäische Vereine. Anfang der 90er Jahre schlug sich der Klub nicht sehr gut, wäre beinahe zweimal abgestiegen und hätte große Geldprobleme gehabt. Dennoch gehörten sie zu den ersten Mitgliedern der neuen englischen Premier League, als diese 1992 ins Leben gerufen wurde. Unter einem Manager namens Joe Royle, der 1994 das Amt übernahm, waren sie recht erfolgreich. In seiner zweiten Saison an der Spitze hielt er Everton vor dem Abstieg bewahrt und gewann den FA-Pokal, die erste Trophäe des Klubs seit sieben Jahren. Unter Royle konnte sich der Klub stetig verbessern und belegte in den Spielzeiten 1996 und 1997 die Plätze 6 und 7.
Nach zwei Spielzeiten ging es mit der Leistung des Vereins jedoch bergab, und Kendall wurde entlassen, nachdem er den Abstieg in der Saison 1998/99 nur knapp verhindert hatte. Der ehemalige Spieler Walter Smith übernahm für drei Spielzeiten die Führung, scheiterte aber an der Leistung, da er viel Geld ausgab, die Mannschaft aber nicht auf gute Liga-Positionen brachte. David Moyes übernahm das Amt im Jahr 2002 und ist bis heute einer der erfolgreichsten Manager des Klubs. Unter seiner Führung ist der Klub zu einer regelmäßigen Top-10-Mannschaft geworden, die 2005 den 4. Platz belegte, den höchsten je erreichten Platz in der Premier League.
Unter seiner Leitung wurde Wayne Rooney in die erste Mannschaft berufen und schnell an Manchester United für 27 Millionen Pfund, eine Rekordgebühr für einen Klub, verkauft. Seit 2005 wurde Everton regelmäßig unter die Top 8 gewählt und erreichte 2007 das Achtelfinale des UEFA-Pokals und 2009 das Finale des FA-Pokals.
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