Während der Vorbereitungen hatten sich mehrere der Verschwörer Sorgen um die Sicherheit der katholischen Glaubensbrüder gemacht, die am Tag der geplanten Explosion im Parlament anwesend sein würden. Am Abend des Freitags, dem 26. Oktober, erhielt Lord Monteagle in seinem Haus in Hoxton einen anonymen Brief.
Mein Herr aus der Liebe heraus, die ich zu einigen von youre frends bloßlegte, habe ich eine Obacht Ihres preseruasion, folglich würde ich Ihnen raten, während Sie Ihr Leben anbieten, um irgendeine Entschuldigung zu erdenken, um von Ihrer Anwesenheit an diesem Parlament für Gott zu verschieben und Mann hath übereingekommen, die Bosheit dieser Zeit zu bestrafen und nicht etwas an diese Anzeige zu denken aber youre Selbst in youre Steuerung zurückzuziehen, in der Sie das Ereignis in erwarten können Sicherheit, denn auch wenn es keinen Anschein von Aufregung gibt, so sage ich doch, dass sie in diesem Parlament einen schrecklichen Schlag erhalten werden, und doch werden sie nicht sehen, wer ihnen wehtut. Dieser Rat ist nicht zu verurteilen, denn er kann Ihnen Gutes tun und kann Ihnen keinen Schaden zufügen, denn die Gefahr ist gebannt, sobald Sie den Brief verbrannt haben, und ich hoffe, dass Gott Ihnen die Gnade geben wird, ihn gut zu nutzen, zu dessen heiligem Schutz ich Sie empfehle.
Monteagle ließ die Notiz laut vorlesen, möglicherweise um die Verschwörer zu warnen, dass das Geheimnis gelüftet war, und übergab sie umgehend an Robert Cecil, 1. Graf von Salisbury, dem Außenminister. Die Verschwörer erfuhren am nächsten Tag von dem Brief, beschlossen aber, ihren Plan fortzusetzen, vor allem nachdem Fawkes den Untergrund inspiziert und festgestellt hatte, dass nichts angerührt worden war.
Nachdem ihm der Brief gezeigt worden war, befahl der König Sir Thomas Knyvet, die Keller unter dem Parlament zu durchsuchen, was er in den frühen Morgenstunden des 5. November tat. Kurz nach Mitternacht verließ Fawkes den Keller, den die Verschwörer gemietet hatten, und wurde unter dem Namen John Johnson verhaftet. Im Inneren wurden die Fässer mit Schießpulver entdeckt, die unter Haufen von Brennholz und Kohle versteckt waren. Weit davon entfernt, seine Absichten während der Verhaftung zu leugnen, erklärte Fawkes, es sei seine Absicht gewesen, den König und das Parlament zu zerstören. Dennoch behielt Fawkes seine falsche Identität bei und bestand weiterhin darauf, dass er allein handelte. Später am Morgen, vor Mittag, wurde er erneut verhört. Er wurde über die Art seiner Komplizen befragt, über die Beteiligung von Thomas Percy, welche Briefe er aus Übersee erhalten hatte und ob er mit Hugh Owen gesprochen hatte oder nicht.
In einem Brief des Gentleman of the Bedchamber, Sir Edward Hoby, wurden Einzelheiten zu all jenen genannt, die von der Explosion erfasst worden wären:
Am 5. November begannen wir ein Parlament, zu dem der König persönlich hätte kommen sollen, aber wir verzichteten auf eine Praxis, die erst an diesem Morgen entdeckt wurde. Der Plan war, den König zu einem Zeitpunkt in die Luft zu jagen, zu dem er auf seinem königlichen Thron hätte sitzen sollen, Adel und Bürgertum und mit allen Bischöfen, Richtern und Ärzten in einem Augenblick, und die Sprengung sollte den gesamten Besitz und das Königreich England ruiniert haben.
Fawkes wurde in den Tower von London gebracht und dort unter Folter verhört. Folter war verboten, außer auf ausdrückliche Anweisung des Monarchen oder eines Organs wie des Geheimen Rates oder der Sternenkammer. In einem Brief vom 6. November erklärte König James I:
Die sanfteren Tortouren [Folterungen] sind ihm zuerst zu gebrauchen, et sic per gradus ad maiora tenditur [und damit durch Schritte, die auf größere ausgedehnt werden], und so beschleunigt Gott Ihr gutes Werk.
Die Entdeckung der Schießpulver-Verschwörung löste eine Welle nationaler Erleichterung bei der Entbindung des Königs und seiner Söhne aus und weckte im darauffolgenden Parlament eine Stimmung der Loyalität und des guten Willens, die Salisbury scharfsinnig ausnutzte, um dem König höhere Subventionen zu entlocken als alle (bis auf eine), die in Elisabeths Regierungszeit gewährt wurden. In seiner Rede vor beiden Häusern am 9. November erläuterte Jakobus zwei neue Anliegen seiner Monarchie: das göttliche Recht der Könige und die katholische Frage. Er bestand darauf, dass das Komplott das Werk einiger weniger Katholiken gewesen sei, nicht das der englischen Katholiken insgesamt, und er erinnerte die Versammlung daran, sich über sein Überleben zu freuen, da Könige göttlich ernannt worden seien und er seine Flucht einem Wunder verdanke.