Die folgenden Phasen werden nur in groben Zügen beschrieben. Laboratorien, die histologische Untersuchungen durchführen, arbeiten nach sehr viel detaillierteren Zeitplänen.
Fixierung
Chemische Fixiermittel werden verwendet, um Gewebe vor dem Zerfall zu bewahren. Dadurch wird die Struktur der Zelle und subzellulärer Komponenten wie Zellorganellen (z.B. Zellkern, endoplasmatisches Retikulum, Mitochondrien) erhalten. Das gebräuchlichste Fixiermittel für die Lichtmikroskopie ist Formalin (4% Formaldehyd in Kochsalzlösung).
Einbetten
Nach der Fixierung wird der Gewebeblock in Paraffinwachs eingebettet. Dadurch wird das Gewebe als Block gehalten und konserviert.
Sektionierung
Der Schnitt wird in eine Reihe von hauchdünnen Scheiben geschnitten, von denen jede auf einen Objektträger aus Glas gelegt wird. Die Maschine, die den Block schneidet, ist eine mechanische Guillotine, die so eingestellt werden kann, dass sie in einer für das betreffende Gewebe geeigneten Tiefe schneidet.
Färben
Flecken sind Farbstoffe, Chemikalien, die verwendet werden, um Zellen und Gewebe unter einem Mikroskop gut sichtbar zu machen. Es gibt viele Gewebeflecken, und jeder von ihnen hat Vor- und Nachteile.
Hämatoxylin und Eosin (H&E)
Dies ist der in der Biologie und Medizin am häufigsten verwendete Fleck. Hämatoxylin färbt Zellkerne und Eosin färbt das Zytoplasma von Zellen.
Silbernitrat
Camillo Golgi entwickelte eine Silbernitratfärbung für Nervenzellen. Seine Idee wurde von Santiago Ramón y Cajal in seinem berühmten Werk über die Struktur des Hirngewebes verwendet.