Am einfachsten ist es, Objektträger und Probe in eine Farbstofflösung zu tauchen, diese dann zu spülen und zu untersuchen. Die verwendeten Flecken sind zertifizierte Flecken, die von der Kommission für biologische Flecken geprüft wurden.
Färbende Bakterien
Die Gram-Färbung wird zur Klassifizierung von Bakterien verwendet. Sie basiert auf der Zusammensetzung ihrer Zellwand. Die Gram-Färbung verwendet Kristallviolett zur Färbung der Zellwände, Jod als Beizmittel und einen Gegenfarbstoff, der alle Bakterien markiert.
Gram-positive Bakterien färben dunkelblau oder violett. Ihrer Zellwand fehlt die bei gramnegativen Bakterien vorkommende sekundäre Membran und Lipopolysaccharidschicht.
Auf den meisten Gram-gefärbten Präparaten sind gramnegative Organismen rot oder rosa von der Gegenfärbung.
Färben von Geweben
Die Hämatoxylin- und Eosin-Färbung wird in der Histologie häufig für dünne Gewebeschnitte verwendet. Hämatoxylin färbt Zellkerne blau, während Eosin Zytoplasma, Bindegewebe und andere extrazelluläre Substanzen rosa oder rot färbt.
Eosin wird von den roten Blutkörperchen stark absorbiert und färbt sie leuchtend rot. In einem kunstvoll hergestellten H & E-Präparat sind die roten Blutkörperchen fast orangefarben, und Kollagen und Zytoplasma (vor allem Muskeln) färben sich unterschiedlich rosa. Hämatoxylin färbt den Zellkern und andere saure Strukturen (wie z.B. RNA-reiche Teile des Zytoplasmas und die Matrix des hyalinen Knorpels) blau. Im Gegensatz dazu färbt Eosin das Zytoplasma und Kollagen rosa.
Eine schnelle und einfache Färbung, die auf Blutausstrichen und menschlichen Wangenzellen verwendet wird, ist Methylenblau, das die Kerne färbt. Es gibt viele andere Spezialfärbungen, einige fluoreszieren unter Speziallicht.