Der Handel zwischen den Menschen im Gebiet von Mogadischu mit anderen Gebieten entlang der somalischen Meeresküste Afrikas begann bereits im 1. Im 10. Jahrhundert kamen muslimische Händler von der arabischen Halbinsel in das Gebiet. Aufgrund des Handels mit ihnen verbreitete sich der Islam über Somalia. Die Portugiesen versuchten, die Kontrolle über die Stadt zu übernehmen, scheiterten jedoch. 1871 kontrollierte Barghash bin Said, der Sultan von Sansibar, die Stadt.
Im Jahr 1892 überließ Ali bin Said Italien die Nutzung der Stadt. Italien kaufte die Stadt 1905. Sie machten Mogadiscio (italienisch für Mogadischu) zur Hauptstadt des italienischen Somalilandes. Nach leichtem Widerstand übernahmen die Italiener 1919 die Kontrolle über das Gebiet um die Stadt. Das italienische Mogadiscio von einem kleinen Dorf mit 1.000 Einwohnern in den 1890er Jahren wurde 1940 zu einer modernen Hauptstadt mit fast 100.000 Einwohnern (von denen mehr als 1/3 Italiener waren), die nach Asmara in Eritrea die zweitgrößte Entwicklung innerhalb des italienischen Reiches erlebte.
Britische Streitkräfte, die während des Zweiten Weltkriegs in Kenia waren, eroberten Mogadischu am 26. Februar 1941. Die Briten herrschten, bis sie 1952 Italien wieder die Kontrolle über die Stadt übertrugen. Somalia wurde 1960 mit Mogadischu als Hauptstadt unabhängig.
Rebellentruppen drangen 1990 in die Stadt ein und nahmen sie ein. Sie zwangen Präsident Mohamed Siad Barre im Januar 1991 zum Rücktritt und zum Verlassen des Landes. Er ging nach Lagos, Nigeria. Einige der Rebellen sagten, dass Ali Mahdi Muhammad der neue Präsident sei. Andere sagten, dass Mohamed Farrah Aidid Präsident sei. Eine Gruppe von US-Marines landete am 9. Dezember 1992 in der Nähe von Mogadischu. Sie waren der erste Teil der Friedenstruppen der Vereinten Nationen, die während der Operation Restore Hope in das Land kamen.