Am 5. Juni 1964 wurde Khomeini verhaftet und ins Exil geschickt. Er wurde in den Irak, die Türkei und dann nach Frankreich ins Exil geschickt. Khomeini hielt in Frankreich viele Reden gegen Mohammad Reza Pahlavi, den letzten Schah des Iran. Am 16. Januar 1979 verließ Pahlavi den Iran. Zwei Wochen später, am 1. Februar, kehrte Khomeini in den Iran zurück.
Er erhielt einen traditionellen Religionsunterricht in Qom (Stadt im Iran). Als er einige Jahre in Najaf (einer heiligen Stadt im Irak) lebte, sprach er über die islamischen Vorstellungen von der Regierung. Während dieser Zeit verfeinerte er seine Theorie des velayat-e faqih ("Regierung des Juristen").
Am 11. Februar 1979 ernannte Khomeini seinen ersten eigenen Premierminister, Medhi Bazargan. Am 30. März 1979 fand im Iran ein Referendum statt, in dessen Folge die Monarchie durch eine Islamische Republik ersetzt wurde. Nach der islamischen Revolution wurde Khomeini Oberster Führer des Iran.
Rushdie-Fatwa
Anfang 1989 gab Khomeini eine fatwā heraus, in der er die Muslime aufforderte, Salman Rushdie und "alle an der Veröffentlichung" seines Buches mit dem Titel Die satanischen Verse zu töten. Rushdie ist nie getötet worden. Der japanische Übersetzer des Buches wurde jedoch 1991 erstochen.