Strukturelle Isomerie (die IUPAC nennt dies konstitutionelle Isomerie) ist eine Art von Isomerie. Zwei Chemikalien in dieser Isomerie haben die gleiche Molekülformel, aber die Moleküle haben sich in unterschiedlichen Ordnungen miteinander verbunden. Das Gegenteil der Strukturisomerie ist die Stereoisomerie. Es gibt viele Wörter, die für Strukturisomere stehen.

Es gibt drei Arten von Verfassungsisomeren. Es sind Skelettisomere, Stellungsisomere und funktionelle Isomere. Positionsisomere werden auch Regioisomere genannt. Tautomere sind ebenfalls eine Art funktioneller Isomere.