Nach einer etwas unruhigen Kindheit wurde Anna von ihrem Vater psychoanalysiert. Als ihre Analyse 1922 abgeschlossen war, wurde sie selbst Psychoanalytikerin. Sie unterrichtete am Wiener Psychoanalytischen Ausbildungsinstitut über die Technik der Kinderanalyse. Von 1925 bis 1934 war sie Sekretärin der Internationalen Psychoanalytischen Vereinigung. Sie setzte die Kinderanalyse sowie Seminare und Konferenzen zu diesem Thema fort.
Nach dem Anschluss 1938 flohen die Freuds aus Wien und kamen nach London. Da Freud selbst an Krebs starb, führte Anna den Haushalt. Anna hatte eine berufliche Unstimmigkeit mit Melanie Klein, die viel früher nach London gekommen war und bereits als Kinderpsychologin etabliert war. Die British Psychoanalytical Society führte eine Reihe von "kontroversen Diskussionen". In den Diskussionen ging es um die Ausbildung und die Ideen beider Parteien. Schließlich kam man überein, dass beide "Schulen" innerhalb der Gesellschaft koexistieren sollten. Die Gesellschaft hat jetzt drei Ausbildungsabteilungen: Kleinianisch, Freudianisch und Unabhängig.
Während des Krieges untersuchte Freud die Auswirkungen des Mangels an elterlicher Fürsorge auf Kinder. Sie gründete ein Zentrum für junge Kriegsopfer mit dem Namen "The Hampstead War Nursery". Hier erhielten die Kinder Pflegefamilien, wobei die Mütter ermutigt wurden, so oft wie möglich zu kommen.
1947 riefen Freud und Kate Friedlaender die Hampstead Child Therapy Courses ins Leben. Fünf Jahre später kam eine Kinderklinik hinzu. Freud begann, Vorlesungen über Kinderpsychologie zu halten.
Von den 1950er Jahren bis zu ihrem Lebensende reiste Freud regelmäßig in die Vereinigten Staaten, um Vorträge zu halten, zu lehren und Freunde zu besuchen. In den 1970er Jahren beschäftigte sie sich mit den Problemen emotional benachteiligter und sozial benachteiligter Kinder. An der Yale Law School unterrichtete sie Seminare über Kriminalität und Familie.
Freud starb am 9. Oktober 1982 in London. Sie wurde im Krematorium von Golders Green eingeäschert und ihre Asche in ein Marmorregal neben der altgriechischen Graburne ihrer Eltern gelegt. Dort ruhen auch ihre lebenslange Freundin Dorothy Burlingham und mehrere andere Mitglieder der Familie Freud.
