1961 war Honecker für den Bau der Berliner Mauer verantwortlich. 1971 begann er einen politischen Machtkampf. Die Sowjets unterstützten ihn, so dass Honecker der neue Führer oder Generalsekretär der Sozialistischen Einheitspartei wurde und Walter Ulbricht ersetzte. Im Jahr 1976 wurde er auch Vorsitzender des Staatsratsvorsitzenden (Staatsratsvorsitzender).
Unter Honecker gab es eine große Verbesserung des Lebensstandards, obwohl die DDR den höchsten Lebensstandard in den Ostblockländern hatte. Es wurden mehr Konsumgüter zur Verfügung gestellt und der Wohnungsneubau wurde beschleunigt.
Obwohl Honecker sich mehr um die Menschen um Güter und Wohnungen kümmerte, ließ er keine Kritik an der Regierung zu. Am deutlichsten zeigte sich dies an der Berliner Mauer. Etwa 125 ostdeutsche Bürger wurden in dieser Zeit beim Versuch, die Grenze nach West-Berlin zu überqueren, getötet.
In den auswaertigen Beziehungen wuerde Honecker ein vereinigtes Deutschland niemals zulassen. Er war der UdSSR gegenüber sehr loyal, akzeptierte aber eine Entspannung (d.h. er wurde freundlicher zu den westlichen Ländern). Unter seiner Regierung wurde Ostdeutschland sogar freundlicher zu Westdeutschland. Im September 1987 besuchte er als erstes ostdeutsches Staatsoberhaupt Westdeutschland.
In den späten 1980er Jahren führte der sowjetische Führer Michail Gorbatschow Glasnost und Perestroika ein, Reformen zur Liberalisierung des Kommunismus. Honecker und die ostdeutsche Regierung weigerten sich jedoch, ähnliche Reformen in der DDR durchzuführen. Als sich die Reformbewegung in Mittel- und Osteuropa ausbreitete, kam es zu Demonstrationen gegen die ostdeutsche Regierung. Die größten waren die Montagsdemonstrationen 1989 in der Stadt Leipzig. Die anderen Führer der DDR beschlossen, Honecker loszuwerden, und zwangen ihn am 18. Oktober 1989 zum Rücktritt. Stattdessen übernahm Egon Krenz das Amt.
