Horta hatte seit ihrer Kindheit ein großes Interesse an Musik. Im Jahr 1873 studierte er Musiktheorie am Konservatorium in Gent. Er wurde wegen schlechten Benehmens entfernt. Stattdessen trat er in die Abteilung für Architektur an der Königlichen Akademie der Schönen Künste in Gent ein. 1878 ging Horta nach Paris. Er fand Arbeit bei dem Architekten und Designer Jules Debuysson in Montmartre. Dort ließ er sich von den impressionistischen und pointillistischen Künstlern inspirieren, aber auch von den Möglichkeiten, in Eisen und Glas zu arbeiten.
Als Hortas Vater 1880 starb, kehrte er nach Belgien zurück und zog nach Brüssel. Er heiratete seine erste Frau. Er studierte Architektur an der Académie Royale des Beaux-Arts. In Brüssel schloss Horta eine Freundschaft mit Paul Hankar. Er wurde Assistent seines Professors Alphonse Balat, Architekt von Leopold II. von Belgien. Gemeinsam entwarfen sie die königlichen Gewächshäuser von Laeken, Hortas erstes Werk, in dem Glas und Eisen verwendet wurden.
1884 gewann Horta den ersten Prix Godecharle, der für Architektur vergeben wurde.
Bis 1885 arbeitete Horta auf eigene Faust. Er erhielt den Auftrag, drei Häuser zu entwerfen. Im selben Jahr trat er auch der Zentralen Gesellschaft für Belgische Architektur bei. In den nächsten Jahren nahm er an einer Reihe von Wettbewerben für öffentliche Arbeiten teil. Er arbeitete mit Bildhauern (insbesondere mit seinem Freund Godefroid Devresse) an Statuen und sogar Gräbern. Er gewann eine Reihe von Preisen. Er hielt die von ihm geschaffenen Formen für sehr praktisch und nicht für künstlerisch.
In dieser Zeit schloss sich Horta den Freimaurern an. Dies verschaffte ihm viele Kunden, als er 1893 zur Gestaltung von Häusern und Geschäften zurückkehrte.
Horta wurde 1892 zum Leiter des Grafikdesigns für Architektur an der Université Libre de Bruxelles ernannt. Im Jahr 1893 wurde er Professor für Architektur. Dort arbeitete er bis 1911.
