Die Region Bourgogne-Franche-Comté ist mit einer Fläche von 47.783,3 km2 (18.449 Quadratmeilen) die sechstgrößte Region Frankreichs. Sie liegt im Nordosten Frankreichs und grenzt im Norden an die Region Grand Est, im Westen an die Regionen Île-de-France und Centre-Val de Loire, im Süden an die Region Auvergne-Rhône-Alpes und im Osten an die Schweiz (Kantone Waadt, Neuenburg und Jura).
Die Entfernungen von Besançon, der Hauptstadt der Region, zu anderen Städten sind groß:
- Paris, die nationale Hauptstadt, 410 km (255 mi);
- Bordeaux, 729 km (453 mi);
- Toulouse, 762 km (473 mi);
- Marseille, 538 km (334 Meilen);
- Lyon, 227 km (141 mi);
- Montpellier, 523 km (325 Meilen);
- Nizza, 694 km (431 Meilen).
Flüsse
Die wichtigsten Flüsse der Region sind die Saône und ihr Nebenfluss, der Doubs. Die Loire fließt durch den Südwesten der Region bei Nevers. Die Seine beginnt im Departement Côte-d'Or.
Berge
In der Region gibt es drei Hauptgebirgszüge:
- Die Vogesen liegen im Nordosten der Region und ihr höchster Punkt in Bourgogne-Franche-Comté ist der Ballon de Servance mit 1.216 m (3.990 ft) Höhe.
- Der Jura liegt an der östlichen Grenze; hier befindet sich der Crêt Pela, mit 1.495 m der höchste Punkt in Bourgogne-Franche-Comté.
- Das Morvan-Gebirge befindet sich in der Mitte des westlichen Teils; der höchste Punkt ist der Haut-Folin mit 901 m (2.956 ft) Höhe.
Der Crêt Pela (46°24′50″N 6°1′19″E / 46.41389°N 6.02194°E / 46.41389; 6.02194 (Crêt Pela)) ist mit 1.495 m (4.905 ft) der höchste Berg der Region Bourgogne-Franche-Comté. Er liegt im Jura-Gebirge.
Der höchste Punkt der verschiedenen Departements in der Region Bourgogne-Franche-Comté sind:
| Abteilung | Berg | Höhe |
| Côte-d'Or | Mont de Gien | 721 m (2.365 ft) |
| Zweifelt | Mont d'Or | 1.461 m (4.793 ft) |
| Jura | Crêt Pela | 1.495 m (4.905 ft) |
| Nièvre | Mont Préneley | 855 m (2.805 ft) |
| Haute-Saône | Ballon de Servance | 1.216 m (3.990 ft) |
| Saône-et-Loire | Haut-Folin | 901 m (2.956 ft) |
| Yonne | Bois de la Pérouse | 607 m (1.991 ft) |
| Territoire de Belfort | Ballon d'Alsace | 1.247 m (4.091 ft) |