Ökologische Genetik ist das Studium der Genetik und Evolution in natürlichen Populationen.

Dies steht im Gegensatz zur klassischen Genetik, die hauptsächlich mit Kreuzungen zwischen Laborstämmen arbeitet, und der DNA-Sequenzanalyse, die Gene auf molekularer Ebene untersucht.

Die Forschung in der ökologischen Genetik beschäftigt sich mit Eigenschaften, die mit der Fitness zusammenhängen und die das Überleben und die Fortpflanzung eines Organismus beeinflussen. Beispiele könnten sein: Blütezeit, Dürretoleranz, Polymorphismus, Mimikry, Abwehr von Raubtieren.

Die Forschung umfasst in der Regel eine Mischung aus Feld- und Laborstudien. Proben von natürlichen Populationen können zur Analyse ihrer genetischen Variation ins Labor zurückgenommen werden. Veränderungen in den Populationen zu verschiedenen Zeiten und an verschiedenen Orten werden festgestellt, und das Muster der Mortalität in diesen Populationen wird untersucht. Häufig wird an Insekten und anderen Organismen mit kurzen Generationszeiten geforscht.