Ende 1999 begann Jimmy Wales über eine von Freiwilligen erstellte Online-Enzyklopädie nachzudenken. Im Januar 2000 beauftragte er Larry Sanger mit der Leitung der Online-Enzyklopädie. Das Projekt ging am 9. März 2000 online. Bis November 2000 waren erst zwei vollständige Artikel veröffentlicht worden.
Von Anfang an war Nupedia eine Enzyklopädie mit freien Inhalten. Bomis, die Firma von Jimmy Wales, sollte Geld aus Anzeigen auf der Nupedia-Website erhalten. Zuerst verwendete das Projekt eine Lizenz, die von Wales und Sanger ausgearbeitet wurde. Später begann es, die Nupedia Open Content License zu verwenden. Im Januar 2001 wechselte es zur GNU-Lizenz für freie Dokumentation. Dies geschah, weil Richard Stallman und die Free Software Foundation sagten, sie sollten es tun.
Ebenfalls im Januar 2001 gründete Nupedia die Wikipedia. Zunächst war sie nicht als Enzyklopädie gedacht. Stattdessen war sie als ein Nebenprojekt gedacht, um es den Leuten zu ermöglichen, an Artikeln für Nupedia zu arbeiten, bevor sie von Experten begutachtet wurden. Als Wikipedia immer größer wurde und neue Benutzer anzog, begann es auch ohne Nupedia zu laufen. Larry Sanger leitete jedoch zuerst die Aktivitäten bei Wikipedia. Dies geschah, weil er der Chefredakteur von Nupedia war.
Wikipedia führte zur schrittweisen Schließung von Nupedia. Jimmy Wales beschloss im Dezember 2001, die Zahlungen an Sanger einzustellen. Sanger verließ daraufhin sowohl Nupedia als auch Wikipedia. Nachdem Sanger gegangen war, wurde Nupedia noch weniger beachtet als Wikipedia. Da die Nupedia immer weniger genutzt wurde, wurde manchmal die Idee vorgeschlagen, ihre Artikel in Wikipedia-Artikel umzuwandeln. Dies wurde jedoch nie umgesetzt. Nach ihrer Schließung wurden die Artikel der Nupedia in die Wikipedia verschoben.
