Die ausgleichende Selektion bezieht sich auf selektive Prozesse, durch die verschiedene Allele (verschiedene Versionen eines Gens) im Genpool einer Population mit Frequenzen oberhalb der Frequenz der Genmutation gehalten werden.
Dies geschieht in der Regel, wenn der Heterozygote für ein Gen eine höhere relative Fitness aufweist als der Homozygote. Auf diese Weise bleibt der genetische Polymorphismus erhalten.
Belege für eine ausgleichende Selektion finden sich in der Anzahl der Allele in einer Population, die oberhalb der Häufigkeit von Mutationsraten gehalten werden. Alle modernen Forschungsarbeiten haben gezeigt, dass diese signifikante genetische Variation in panmiktischen Populationen häufig vorkommt. Es ist die Felderfahrung von Darwin, Wallace und anderen, dass natürliche Wildpopulationen ausserordentlich vielfältig sind. Museumssammlungen einzelner Arten erzählen die gleiche Geschichte.
Es gibt mehrere Möglichkeiten, die Selektionsarbeiten auszugleichen, um den Polymorphismus aufrechtzuerhalten. Die beiden wichtigsten und am meisten untersuchten sind der heterozygote Vorteil und die frequenzabhängige Selektion.

