Die früheste Form von Städtepartnerschaften in Europa war 836 zwischen der deutschen Stadt Paderborn und der französischen Stadt Le Mans, obwohl diese erst 1967 offiziell als moderne Städtepartnerschaft gegründet wurde.
Coventry, Vereinigtes Königreich, war die erste Stadt, die mit einer anderen Stadt (Stalingrad, Sowjetunion) eine "Zwillingspartnerschaft" einging, und damit begann die moderne Praxis der Städtepartnerschaft.
Nach dem Zweiten Weltkrieg waren Städtepartnerschaften eine Möglichkeit, die Menschen in Europa einander näher zu bringen und grenzüberschreitende Projekte und den Frieden zu fördern.
So schloss sich Coventry beispielsweise als Akt des Friedens und der Versöhnung mit Dresden zusammen, da beide Städte während des Krieges schwer bombardiert worden waren. Jedes Partnerstadtland ist in einem bestimmten Stadtbezirk der Stadt vertreten und hat in jedem Bezirk einen Friedensgarten, der dieser Partnerstadt gewidmet ist.
Ein weiteres frühes Beispiel für Städtepartnerschaften geht auf das Jahr 1947 zurück, als die Bristol Corporation (später Bristol City Council) fünf "führende Bürger" auf eine Goodwill-Mission nach Hannover schickte.
Städtepartnerschaften sind in Europa beliebter als anderswo, aber die Idee hat sich inzwischen auch auf andere Kontinente ausgebreitet.
Seit 1989 verfügt die Europäische Union über ein Förderprogramm für Städtepartnerschaften. Im Jahr 2003 wurde ein Jahresbudget von etwa 12 Millionen Euro für etwa 1.300 Projekte bereitgestellt.