Everton startete 1878 unter dem Namen St. Domingo's FC. Zunächst war er nur für Leute gedacht, die in die Kirche St. Domingo's gingen, aber so viele Leute waren interessiert, dass sie auch Leute aus der Umgebung mitmachen ließen. Ein Jahr später wurde der Club nach der Gegend in Everton Football Club umbenannt. Das erste Spiel des Everton Football Club überhaupt fand 1879 gegen eine Mannschaft namens St. Peter's statt. Everton gewann 6:0.
Everton trat in der Saison 1886/87 in den FA Cup ein. Sie wurden in der ersten Runde von den Rangers mit 1:0 geschlagen. Als der Fussball in England immer beliebter wurde, erkannten die Klubs, dass sie eine organisierte Liga brauchten. 1888 wurde die Football League gegründet. Everton gehörte zu den 12 Gründungsmitgliedern. Preston North End gewann die ersten beiden Ligen und Everton gewann 1891 die dritte. Sie gewannen 1905 ihre zweite Trophäe, den FA Cup, aber gewannen erst 1916 eine weitere. Erst 1927 erlebte Everton seine erste lange Erfolgsphase. Im Jahr 1925 verpflichteten sie Dixie Dean, und 1927 erzielte er 60 Tore in 39 Spielen, stellte damit einen neuen Weltrekord auf und führte Everton zu einem weiteren Ligatitel. Everton wurde 1930/1931 in die zweite Liga abgestiegen. Innerhalb eines Jahres wurde er wieder aufgestiegen, und seitdem ist der Klub nicht mehr abgestiegen, mit Ausnahme von 1950/51 (was zu drei Spielzeiten in der zweiten Liga führte). Damit sind sie die englische Fussballmannschaft mit den meisten aufeinander folgenden Spielzeiten in der obersten Liga des englischen Fussballs, abgesehen von Arsenal, das seit 1919/20 ununterbrochen in der obersten Liga spielt.
Evertons zweite erfolgreiche Periode kam nach 1961, als Harry Catterick zum Manager ernannt wurde. Mit Catterick an der Spitze gewann Everton zwischen 1961 und 1970 zwei Ligatitel und vier Pokale. Dieser Erfolg hielt jedoch nicht lange an, und nach drei Jahren mit niedrigen Liga-Endergebnissen kündigte Catterick seinen Job. Für den Rest der 1970er Jahre landete der Klub mit einer Reihe von erfolglosen Managern in der Mitte der Tabelle. 1981 ernannte der Klub Howard Kendall zum neuen Manager. Er drehte Everton um und wurde schließlich der erfolgreichste Manager in der Geschichte des Klubs. Zwischen 1981 und 1987 gewann er zwei Ligatitel und drei Pokale. Diese Ära brachte Everton auch den einzigen europäischen Titel, den Pokalsiegerpokal im Jahr 1985. Sie gewannen das Finale mit 3:1 gegen Rapid Wien aus Österreich. Im Halbfinale besiegte Everton den deutschen Meister Bayern München mit 3:1, ein Spiel, das im Goodison Park zum größten aller Zeiten gewählt wurde.
1985 starben mehrere Liverpooler und Juventus-Fans, als die Menge in einem Stadion im belgischen Heysel zu kämpfen begann. Die UEFA entschied, dass die Liverpooler Fans die Hauptschuld trugen. Aus diesem Grund durften alle englischen Vereine bis 1991 nicht gegen europäische Mannschaften spielen. Dadurch wurde Everton die Chance verwehrt, seinen europäischen Titel zu verteidigen, und die Mannschaft löste sich allmählich auf und verkaufte viele ihrer besten Spieler an andere europäische Vereine. Anfang der 90er Jahre schlug sich der Klub nicht sehr gut, wäre beinahe zweimal abgestiegen und hätte große Geldprobleme gehabt. Dennoch gehörten sie zu den ersten Mitgliedern der neuen englischen Premier League, als diese 1992 ins Leben gerufen wurde. Unter Manager Joe Royle, der 1994 das Amt übernahm, waren sie recht erfolgreich. In seiner zweiten Saison an der Spitze hielt er Everton vor dem Abstieg bewahrt und gewann den FA-Pokal, die erste Trophäe des Klubs seit sieben Jahren. Unter Royle konnte sich der Klub stetig verbessern und belegte in den Spielzeiten 1996 und 1997 die Plätze 6 und 7.
Nach zwei Spielzeiten ging es mit der Leistung des Klubs jedoch bergab, und Kendall wurde entlassen, nachdem er in der Saison 1998-99 dem Abstieg nur knapp entgangen war. Der ehemalige Spieler Walter Smith übernahm für drei Spielzeiten das Ruder, scheiterte aber an der Leistung. Er gab viel Geld aus, brachte die Mannschaft aber nicht auf gute Ligapositionen. David Moyes übernahm das Amt im Jahr 2002 und ist bis heute einer der erfolgreichsten Manager des Klubs. Unter seiner Führung ist der Klub zu einer regelmäßigen Top-10-Mannschaft geworden, die 2005 den 4. Platz belegte, den höchsten je erreichten Platz in der Premier League. Der 4. Platz bedeutete die Qualifikation für die UEFA Champions League der nächsten Saison. Er verließ die Mannschaft 2013, nach 11 Jahren.
Unter seiner Leitung wurde Wayne Rooney in die erste Mannschaft geholt, und er wurde schnell für 28 Millionen Pfund, eine Rekordgebühr für einen Klub, an Manchester United verkauft. Seit 2005 erreichte Everton regelmäßig die Top 8 und erreichte 2007 das Achtelfinale des UEFA-Pokals sowie den zweiten Platz im Finale des FA-Pokals 2009. Auch Moyes brach 2008 mit der Verpflichtung von Marouane Fellaini erneut den Transferrekord.
Am Ende der Saison 2012-13 verließ Moyes den Klub und wechselte zu Manchester United. Er wurde durch Roberto Martínez ersetzt. Er führte Everton 2015-16 ins Halbfinale des EFL-Cups und des FA-Cups. Er wurde entlassen, da ihm in der Saison noch zwei Spiele wegen schlechter Leistungen fehlten.
Er wurde im Sommer 2016 durch Ronald Koeman ersetzt. In seiner ersten Saison bei dem Klub führte er sie in die Gruppenphase der Europa League, nachdem er in der vorangegangenen Premier League-Saison den 7. In der folgenden Saison wurde er entlassen, nachdem er den Klub in der Abstiegszone verlassen hatte.
