Das menschliche Mikrobiom (oder menschliche Mikrobiota) ist die Sammlung von Mikroorganismen, die auf uns leben. Sie leben auf der Haut, im Speichel und Mund, in den Augen, im Darm und im übrigen Magen-Darm-Trakt. Dazu gehören Bakterien, Archaeen, Pilze und einzellige Eukaryonten ("Protozoen"). Jeder Mensch trägt weit mehr von diesen Mikroben mit sich herum, als die Zahl der menschlichen Zellen im Körper. Der menschliche Körper hat etwa 100 Billionen Zellen und trägt allein im Darm etwa zehnmal so viele Mikroorganismen mit sich herum.
Das Mikrobiom ist "die ökologische Gemeinschaft kommensaler, symbiotischer und pathogener Mikroorganismen, die sich buchstäblich unseren Körperraum teilen". Der Begriff wurde ursprünglich von Joshua Lederberg geprägt. Er hielt die Mikroorganismen, die im menschlichen Körper in Gesundheit und Krankheit leben, für wichtig. In vielen wissenschaftlichen Artikeln wird zwischen "Mikrobiom" und "Mikrobiota" unterschieden, um entweder die kollektiven Genome der Mikroorganismen, die in einer Umweltnische leben, oder die Mikroorganismen selbst zu beschreiben. Nach den ursprünglichen Definitionen sind diese Begriffe jedoch weitgehend synonym.
Einige dieser Organismen sind für den Menschen nützlich. Die meisten haben jedoch keine bekannte Wirkung. Sie sind einfach Symbionten: Sie leben mit uns. Diejenigen, von denen erwartet wird, dass sie anwesend sind, sind Mitglieder der normalen Flora. Unter normalen Umständen verursachen sie keine Krankheiten, sondern können sogar unserer Gesundheit helfen. Studien aus dem Jahr 2009 fragten, ob unsere Gesundheit geschädigt wird, wenn wir diese Biota reduzieren. Dies ist bei der Darmflora sicherlich der Fall.
Obwohl sich "Flora" eher auf Pflanzen als auf Bakterien bezieht, ist der Begriff "Darmflora" weit verbreitet und den Biologen vertraut. "Biota" bezieht sich auf die gesamte Ansammlung von Organismen in einem Ökosystem. Der Begriff "Mikrobiota" eignet sich am besten für Bakterien und andere Mikroorganismen, aber zweifellos wird oft der Begriff "Flora" verwendet.
Die Mikroben, um die es hier geht, sind im Allgemeinen nicht pathogen (sie verursachen keine Krankheiten, es sei denn, sie wachsen abnormal); sie existieren in Harmonie und Symbiose mit ihren Wirten.
Forscher haben herausgefunden, dass ein Großteil der Mikrobenpopulation im menschlichen Körper keine Bakterien sind, sondern eine sehr alte Klasse von Einzellern, die Archaeen genannt werden. Dazu gehören Methanogene, die Methan produzieren und Blähungen verursachen können.
