In Chemie und Physik erklärt die Atomtheorie, wie sich unser Verständnis des Atoms im Laufe der Zeit verändert hat. Atome wurden einst für die kleinsten Teilchen der Materie gehalten. Heute weiß man jedoch, dass Atome aus Protonen, Neutronen und Elektronen bestehen. Diese subatomaren Teilchen setzen sich aus Quarks zusammen. Die erste Idee des Atoms stammt von dem griechischen Philosophen Demokrit. Viele der Ideen in der modernen Theorie stammen von John Dalton, einem britischen Chemiker und Physiker.

Die Theorie gilt für Festkörper, Flüssigkeiten und Gase, aber sie gilt nicht in analoger Weise für Plasmen oder Neutronensterne.