Der Kern ist das Zentrum eines Atoms. Er besteht aus so genannten Nukleonen (Protonen und Neutronen) und ist von der Elektronenwolke umgeben. Die Größe (Durchmesser) des Kerns liegt zwischen 1,6 fm (10-15 m) (für ein Proton in leichtem Wasserstoff) bis etwa 15 fm (für die schwersten Atome, wie z.B. Uran). Diese Größen sind um einen Faktor von etwa 23.000 (Uran) bis etwa 145.000 (Wasserstoff) viel kleiner als die Größe des Atoms selbst. Obwohl es nur ein sehr kleiner Teil des Atoms ist, hat der Kern den größten Teil der Masse. Fast die gesamte Masse in einem Atom besteht aus den Protonen und Neutronen im Kern mit einem sehr kleinen Beitrag der umkreisenden Elektronen.

Neutronen haben keine Ladung und Protonen sind positiv geladen. Da der Kern nur aus Protonen und Neutronen besteht, ist er positiv geladen. Dinge, die die gleiche Ladung haben, stoßen sich gegenseitig ab: Diese Abstoßung ist Teil der so genannten elektromagnetischen Kraft. Ohne etwas anderes, das den Kern zusammenhält, könnte er nicht existieren, weil die Protonen sich voneinander abstoßen würden. Der Kern wird tatsächlich durch eine andere Kraft zusammengehalten, die als starke Kernkraft bekannt ist.

Das Wort "Kern" stammt aus dem Jahr 1704 und bedeutet "Nusskern". 1844 verwendete Michael Faraday das Wort Kern, um den "zentralen Punkt eines Atoms" zu beschreiben. Die moderne atomare Bedeutung wurde 1912 von Ernest Rutherford vorgeschlagen. Die Verwendung des Wortes Kern in der Atomtheorie geschah jedoch nicht sofort. So schrieb beispielsweise Gilbert N. Lewis 1916 in seinem berühmten Artikel Das Atom und das Molekül, dass "das Atom aus dem Kern und einem äußeren Atom oder einer Schale besteht".