Pontarlier ist eine französische Gemeinde im Departement Doubs, Region Bourgogne-Franche-Comté, im Osten Frankreichs nahe der Grenze zur Schweiz. Sie ist eine Unterpräfektur im Departement und gleichzeitig die Hauptstadt des Arrondissements Pontarlier.

Pontarlier ist nach Besançon und Montbéliard die dritte Gemeinde des Departements nach seiner Bevölkerung.