Die frühesten Bewohner des uns bekannten Gebiets lebten um 500 v. Chr. im Tal der Moldau. Slawische Stämme kamen um 500 n. Chr. nach Böhmen. Es gibt eine Legende über die Entstehung der Stadt Prag. Fürstin Libuše, die Anführerin eines slawischen Stammes, wählte einen einfachen Bauern Přemysl zu ihrem Ehemann. Sie sagte ihm, er solle sich ein Dorf an den Ufern der Moldau suchen und dort eine Stadt gründen. Aus der Stadt wurde Prag, regiert von der Familie Přemyslid.
In der zweiten Hälfte des 9. Jahrhunderts wurden die ursprünglichen Befestigungsanlagen der Burg errichtet. Während der Herrschaft von Wenzel I. (auf Tschechisch Václav) im 10. Jahrhundert wurde auf der Prager Burg die St.-Veits-Kirche gebaut. Wenzel wurde von seinem Bruder ermordet, als er zur Kirche ging. Er wurde später heilig gesprochen. Zu Beginn des 11. Jahrhunderts kam die Familie Přemyslid auch in Mähren an die Macht. Vratislav II. war der erste Monarch, der als König von Böhmen bezeichnet wurde.
Ein anderer Herrscher, auch Wenzel I. genannt, regierte ab 1230 als König von Böhmen. Er förderte die Künste. Viele Deutsche kamen, um in Prag zu leben. Im Jahr 1257 gründete König Otakar II. das Prager Kleinviertel, in dem die Deutschen wohnen sollten. Der letzte der Könige von Přemyslid war König Wenzel III. Er wurde in Mähren ermordet.
Während des Mittelalters wurde Prag als Hauptstadt des Heiligen Römischen Reiches unter Karl IV. (1316-1378), dem damals mächtigsten Herrscher Europas, sehr wichtig. Karl machte Prag zu einer großen Stadt und baute den Veitsdom, eine Universität und eine berühmte Brücke namens Karlsbrücke, die noch heute existiert.
Nach Karl IV. gab es in Prag viele Auseinandersetzungen und Kämpfe. Ein Priester namens Jan Hus sagte, die katholische Kirche sei zu mächtig geworden. Er wurde verhaftet und 1415 auf dem Scheiterhaufen verbrannt. Viele Menschen stimmten dem zu, was Hus gesagt hatte. Diese Menschen wurden Hussiten genannt. Sie warfen eine Menge wichtiger katholischer Menschen aus dem Fenster (genannt "Defenestration"). Viele weitere Kämpfe folgten, und viele Jahre lang wurde Böhmen von Königen regiert, die in anderen Ländern lebten.
Ab 1526 regierte die Familie Habsburg in Böhmen. Sie waren Katholiken und regierten das Heilige Römische Reich. Im Jahre 1576 verlegte Kaiser Rudolf II. die Hauptstadt von Wien nach Prag. Prag wurde wieder eine reiche Stadt, und die Menschen waren frei, als Katholiken oder Protestanten zu verehren. Nach Rudolph II. gab es viele religiöse Kämpfe und mehr Menschen wurden aus den Fenstern geworfen. Schließlich wurden die Kämpfe Teil des Dreißigjährigen Krieges. Als Ferdinand II. die Kämpfe gewann, verließen viele Protestanten das Land. Neue Gebäude in Prag wurden im Barockstil erbaut. Am Hof wurde die deutsche Sprache gesprochen, nicht Tschechisch. Maria Theresia war die einzige Königin, die über Prag regierte. Eines ihrer 16 Kinder war Marie Antoinette, die Königin von Frankreich wurde. Als ihr Sohn Joseph II. regierte, hörten die Menschen auf, über Religion zu streiten. Das Volk konnte frei sprechen, was es wollte, und es gab keine Leibeigenschaft mehr. Prag hatte nun drei Teile: die Altstadt, das Kleinviertel und die Neustadt. Berühmte Persönlichkeiten wie Wolfgang Amadeus Mozart besuchten die Stadt häufig.
Im 19. Jahrhundert kam die Industrie nach Prag. Fabriken wurden gebaut, eine Eisenbahn wurde zwischen Prag und Wien gebaut. Die tschechische nationalistische Bewegung wurde nach 1848 sehr stark. Sie wollten ihre eigene Sprache anstelle von Deutsch verwenden. Die Komponisten Smetana und Dvořák schrieben Musik über ihr Land, oft unter Verwendung von tschechischen Volksliedern. Das Nationaltheater wurde 1881 eröffnet.
Im Juni 1914 wurde der Erzherzog Franz Ferdinand, Thronfolger der Habsburger, ermordet. Dies führte zum Ersten Weltkrieg. Nach dem Krieg wurde eine unabhängige Republik namens Tschechoslowakei mit Prag als Hauptstadt gegründet. Zu ihr gehörten Böhmen, Mähren und die Slowakei. 1938 fiel Hitler in das Land ein. Im Mai 1945 wurde es von sowjetischen Truppen befreit. Doch schon bald ergriffen die Kommunisten die Macht, und das Land wurde von Kommunisten regiert, die der Sowjetunion gehorchen mussten. Der Premierminister Alexander Dubček versuchte nach und nach, Reformen durchzuführen. Diese Zeitspanne wird als "Prager Frühling" bezeichnet. Im Jahr 1968 schickte die Sowjetunion Panzer nach Prag auf den Wenzelsplatz, um ihre Macht wiederherzustellen.
Die Demokratie kam 1989 mit der Samtenen Revolution allmählich nach Prag. 1993 teilten sich die Tschechische Republik und die Slowakei in zwei Länder auf. Heute sind diese beiden Länder Teil der EuropäischenUnion.