Charles Darwin (1809-1882) war der erste, der einen evolutionären Lebensbaum erstellte. Er war sehr vorsichtig mit der Möglichkeit, die Geschichte des Lebens zu rekonstruieren. In Kapitel IV von On the Origin of Species (1859) stellte er ein abstraktes Diagramm eines theoretischen Lebensbaums für Arten einer unbenannten großen Gattung vor (siehe Abbildung).
Mit Darwins eigenen Worten: "So werden die kleinen Unterschiede, die die Sorten derselben Art unterscheiden, stetig zunehmen, bis sie den größeren Unterschieden zwischen Arten derselben Gattung oder sogar verschiedener Gattungen entsprechen.
Dabei handelt es sich um ein verzweigtes Muster ohne Artennamen, im Gegensatz zu dem eher linearen Baum, den Ernst Haeckel Jahre später schuf.
In seiner Zusammenfassung zu dem in der 6. Ausgabe von 1872 überarbeiteten Abschnitt erläutert Darwin seine Ansichten über den Baum des Lebens:
Die Affinitäten aller Wesen derselben Klasse sind manchmal durch einen großen Baum dargestellt worden. Ich glaube, dieses Gleichnis spricht weitgehend die Wahrheit. Die grünen und knospenden Zweige können existierende Arten repräsentieren; und die in früheren Jahren erzeugten Zweige können die lange Abfolge von ausgestorbenen Arten repräsentieren...
Die in große Äste und diese in kleinere und kleinere Zweige
unterteilten Glieder waren selbst einmal, als der Baum jung war, knospende Zweige; und diese Verbindung der früheren und gegenwärtigen Knospen durch sich verzweigende Zweige könnte durchaus die Einteilung aller ausgestorbenen und lebenden Arten in Gruppen darstellen, die Gruppen untergeordnet sind.
Von den vielen Zweigen, die blühten, als der Baum noch ein einfacher Strauch war, sind nur zwei oder drei zu großen Zweigen herangewachsen, die heute überleben und die anderen Zweige tragen; so haben von den Arten, die in längst vergangenen geologischen Perioden lebten, nur sehr wenige lebende und veränderte Nachkommen hinterlassen. Seit dem ersten Wachstum des Baumes ist so mancher Ast und Ast verfault und abgefallen; und diese abgefallenen Äste verschiedener Größe repräsentieren vielleicht jene ganzen Ordnungen, Familien und Gattungen, die heute keine lebenden Vertreter mehr haben und die uns nur noch im fossilen Zustand bekannt sind.
So wie wir hier und da einen dünnen, umherstreifenden Ast sehen, der von einer Gabel tief unten in einem Baum entspringt, und der zufällig begünstigt wurde und auf seinem Gipfel noch lebt, so sehen wir gelegentlich ein Tier wie den Ornithorhynchus (Schnabeltier) oder Lepidosiren (südamerikanischer Lungenfisch), der in gewissem Maße durch seine Verwandtschaft zwei große Lebenszweige miteinander verbindet, und der anscheinend vor tödlicher Konkurrenz gerettet wurde, indem er eine geschützte Station bewohnt hat.
So wie Knospen durch Wachstum frische Knospen hervorbringen, und diese, wenn auch kräftig, verzweigen sich und überragen auf allen Seiten so manchen schwächeren Zweig, so ist es meiner Meinung nach
von Generation
zu Generation mit dem großen Baum des Lebens gewesen, der mit seinen toten und abgebrochenen Zweigen die Erdkruste ausfüllt und die Oberfläche mit seinen immer weiter verzweigten und schönen Verästelungen bedeckt.
